feat: 初始化 AstroResearch 核心系统代码及重构技术文档

docs/database.md

@@ -0,0 +1,77 @@
+# AstroResearch Database Schema / 数据库设计
+
+AstroResearch 使用轻量级、零配置的 **SQLite** 数据库作为持久化存储。数据库文件默认保存在项目根目录下的 `astro_research.db`，由 Rust 中的 `sqlx` 驱动管理并自动执行迁移。
+
+---
+
+## 1. 实体关系图 (Entity-Relationship Diagram)
+
+```mermaid
+erDiagram
+    PAPERS {
+        text bibcode PK
+        text title
+        text authors "JSON Array"
+        text year
+        text pub "Journal/Publisher"
+        text keywords "JSON Array"
+        text abstract
+        text doi
+        text arxiv_id
+        integer citation_count
+        integer reference_count
+        text pdf_path
+        text html_path
+        text markdown_path
+        text translation_path
+        datetime created_at
+    }
+
+    NOTES {
+        integer id PK
+        text bibcode FK
+        integer paragraph_index
+        text note_text
+        text highlight_color
+        text selected_text
+        datetime created_at
+    }
+
+    CITATIONS_REFERENCES {
+        text source_bibcode PK
+        text target_bibcode PK
+    }
+
+    PAPERS ||--o{ NOTES : "has"
+    PAPERS ||--o{ CITATIONS_REFERENCES : "cites / cited_by"
+```
+
+---
+
+## 2. 数据表结构详述 (Table Schema Details)
+
+### 2.1 papers 表 (文献元数据)
+存储文献的核心元数据和本地物理存储路径。
+- **索引**：
+  - `idx_papers_doi` -> 基于 `doi`
+  - `idx_papers_arxiv_id` -> 基于 `arxiv_id`
+
+### 2.2 citations_references 表 (引文与参考文献拓扑)
+多对多关联表，存储文献之间的引用网络（即拓扑星系图的基础数据）。
+- **复合主键**：`(source_bibcode, target_bibcode)`
+- **索引**：
+  - `idx_citations_ref_source` -> 优化以 `source_bibcode` 查询参考文献
+  - `idx_citations_ref_target` -> 优化以 `target_bibcode` 查询被引文献
+
+### 2.3 notes 表 (高亮与阅读笔记)
+存储学者在阅读器中对特定段落创建的高亮和笔记。
+- **外键**：`bibcode` 级联删除 (`ON DELETE CASCADE`)。
+- **索引**：
+  - `idx_notes_bibcode` -> 优化单篇文献的笔记列表查询。
+
+---
+
+## 3. 数据库迁移说明
+迁移脚本存放在 `migrations/` 下，服务启动时（`src/main.rs`）会自动调用 `sqlx::migrate!().run(&pool).await` 自动部署：
+1. `20260608000000_init.sql`：初始化 `papers` 与 `citations_references` 结构。
+2. `20260608000001_notes.sql`：添加 `notes` 笔记高亮表，并为关联建立级联删除。