feat: 初始化 AstroResearch 核心系统代码及重构技术文档

migrations/20260608000001_notes.sql

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+-- migrations/20260608000001_notes.sql
+-- 笔记/高亮表：每条记录对应一篇文献中某个段落的标注笔记
+
+CREATE TABLE IF NOT EXISTS notes (
+    id INTEGER PRIMARY KEY AUTOINCREMENT,
+    bibcode TEXT NOT NULL,
+    paragraph_index INTEGER NOT NULL, -- 在文章 Markdown 段落中的序号（从 0 开始）
+    note_text TEXT NOT NULL DEFAULT '',
+    highlight_color TEXT NOT NULL DEFAULT 'yellow', -- 'yellow' | 'green' | 'blue' | 'pink'
+    selected_text TEXT NOT NULL DEFAULT '',         -- 被高亮选中的原始文本片段
+    created_at DATETIME DEFAULT CURRENT_TIMESTAMP,
+    FOREIGN KEY (bibcode) REFERENCES papers(bibcode) ON DELETE CASCADE
+);
+
+CREATE INDEX IF NOT EXISTS idx_notes_bibcode ON notes(bibcode);