feat: Agent 全栈升级——模块化重构、Hooks/Skills/Memory/SubAgent/Team 子系统、审计与任务持久化

架构重构：
  - Agent Runtime 由单文件拆为 runtime/ 目录 12 模块（熔断/流式执行/Token预算/文件缓存/权限等）
  - Agent Tools 由单文件拆为 tools/ 目录 20+ 模块（filesystem/astro/memory/skill/subagent/team 等）
  - 解析器体系重构（common.rs 836行变更），各解析器同步升级
  - Download 服务重构（562行），反爬策略强化
  - LLM 客户端重构（266行），流式调用优化

  新子系统：
  - Hooks 生命周期系统（9种事件类型，PreToolUse/PostToolUse 支持输入输出拦截）
  - Skills 双层加载系统（system-reminder 轻量注入 + LoadSkillTool 按需加载，notify 文件监听热更新）
  - Memory 项目记忆管理（类型/提取/去重/衰减/保活/选择策略/护栏 7 模块）
  - SubAgent 上下文隔离子代理运行器（独立 ReAct 循环 + Hook 管道）
  - Team 多智能体团队协作（文件 inbox 通信、lead/teammate 协调）
  - TaskBoard DAG 任务依赖管理
  - Trajectory 会话轨迹、Terminal 终止信号、Autonomous 自主模式、Background 异步通知

  数据库：
  - agent_tasks 表（DAG 依赖模式，blocked_by JSON 数组）
  - agent_audit_log 表（工具调用审计：名称/状态/耗时/输出预览）
  - agent_identity 迁移（消息/审计/任务的 agent_name 归属，agent_team_members 团队注册表）

  API：
  - GET /chat/metrics 聚合指标端点
  - GET /chat/sessions/:id/audit 会话审计查询
  - GET /chat/questions + POST /chat/answer 人机交互问答

  工程：
  - 新增依赖：serde_yaml、notify、glob、walkdir、lru
  - Skills 目录含 methodology/plotting/presentation 三个初始 SKILL.md
  - CLAUDE.md 完整项目架构文档

migrations/20260616000000_agent_tasks.sql

@@ -0,0 +1,31 @@
+-- 智能体任务持久化表
+-- 支持 DAG 依赖模式 (blocked_by) 和任务状态生命周期
+--
+-- Status lifecycle:
+--   pending     -> in_progress -> completed
+--   (可回退: in_progress -> pending)
+--
+-- blocked_by 存储 JSON 数组格式: ["task_id_1", "task_id_2"]
+-- 应用层负责验证 DAG 有效性（无自引用、无循环依赖）
+
+CREATE TABLE IF NOT EXISTS agent_tasks (
+    id INTEGER PRIMARY KEY AUTOINCREMENT,
+    session_id TEXT NOT NULL,
+    task_id TEXT NOT NULL,
+    content TEXT NOT NULL DEFAULT '',
+    status TEXT NOT NULL DEFAULT 'pending'
+        CHECK(status IN ('pending', 'in_progress', 'completed')),
+    blocked_by TEXT NOT NULL DEFAULT '[]',
+    created_at DATETIME NOT NULL DEFAULT CURRENT_TIMESTAMP,
+    updated_at DATETIME NOT NULL DEFAULT CURRENT_TIMESTAMP,
+    FOREIGN KEY (session_id) REFERENCES agent_sessions(session_id) ON DELETE CASCADE
+);
+
+-- 按会话查询任务（最常用）
+CREATE INDEX IF NOT EXISTS idx_agent_tasks_session ON agent_tasks(session_id);
+
+-- 按状态过滤（用于恢复/展示）
+CREATE INDEX IF NOT EXISTS idx_agent_tasks_status ON agent_tasks(session_id, status);
+
+-- 保证同一会话内 task_id 唯一
+CREATE UNIQUE INDEX IF NOT EXISTS idx_agent_tasks_session_task ON agent_tasks(session_id, task_id);

migrations/20260617000000_agent_audit_log.sql

@@ -0,0 +1,19 @@
+-- 智能体审计日志表
+-- 记录所有工具调用的详细信息：工具名称、执行状态、耗时、输出预览
+--
+-- status: OK (成功) / FAIL (失败) / SESSION_STOP (会话终止)
+
+CREATE TABLE IF NOT EXISTS agent_audit_log (
+    id INTEGER PRIMARY KEY AUTOINCREMENT,
+    session_id TEXT NOT NULL,
+    step INTEGER NOT NULL DEFAULT 0,
+    tool_name TEXT,
+    status TEXT NOT NULL CHECK(status IN ('OK', 'FAIL', 'SESSION_STOP')),
+    elapsed_ms INTEGER NOT NULL DEFAULT 0,
+    output_preview TEXT,
+    created_at DATETIME NOT NULL DEFAULT CURRENT_TIMESTAMP,
+    FOREIGN KEY (session_id) REFERENCES agent_sessions(session_id) ON DELETE CASCADE
+);
+
+CREATE INDEX IF NOT EXISTS idx_audit_log_session ON agent_audit_log(session_id);
+CREATE INDEX IF NOT EXISTS idx_audit_log_created ON agent_audit_log(created_at);

migrations/20260618000000_agent_identity.sql

@@ -0,0 +1,36 @@
+-- 智能体身份隔离与团队协作支持
+--
+-- 为子代理（delegate_research）和多智能体团队（spawn_teammate）
+-- 提供 agent 粒度的消息隔离、审计追踪和任务归属。
+--
+-- 所有 ALTER TABLE 使用 DEFAULT 值，保证向后兼容：
+-- 现有数据自动标记为 'lead'，旧代码无需修改。
+
+-- 1. agent_messages: 消息归属
+ALTER TABLE agent_messages ADD COLUMN agent_name TEXT NOT NULL DEFAULT 'lead';
+
+-- 2. agent_audit_log: 审计归属
+ALTER TABLE agent_audit_log ADD COLUMN agent_name TEXT NOT NULL DEFAULT 'lead';
+
+-- 3. agent_tasks: 任务分配目标（支持角色路由）
+ALTER TABLE agent_tasks ADD COLUMN owner TEXT NOT NULL DEFAULT '';
+
+-- 4. 新建: 团队成员注册表
+CREATE TABLE IF NOT EXISTS agent_team_members (
+    id INTEGER PRIMARY KEY AUTOINCREMENT,
+    session_id TEXT NOT NULL,
+    agent_name TEXT NOT NULL,
+    agent_role TEXT NOT NULL,
+    status TEXT NOT NULL DEFAULT 'active'
+        CHECK(status IN ('spawning', 'active', 'idle', 'shutdown')),
+    created_at DATETIME NOT NULL DEFAULT CURRENT_TIMESTAMP,
+    updated_at DATETIME NOT NULL DEFAULT CURRENT_TIMESTAMP,
+    FOREIGN KEY (session_id) REFERENCES agent_sessions(session_id) ON DELETE CASCADE,
+    UNIQUE(session_id, agent_name)
+);
+
+CREATE INDEX IF NOT EXISTS idx_team_members_session ON agent_team_members(session_id);
+CREATE INDEX IF NOT EXISTS idx_team_members_status ON agent_team_members(session_id, status);
+
+-- 重建 agent_messages 索引（包含 agent_name 过滤加速）
+CREATE INDEX IF NOT EXISTS idx_agent_messages_agent ON agent_messages(session_id, agent_name);