feat: Agent 全栈升级——模块化重构、Hooks/Skills/Memory/SubAgent/Team 子系统、审计与任务持久化

架构重构：
  - Agent Runtime 由单文件拆为 runtime/ 目录 12 模块（熔断/流式执行/Token预算/文件缓存/权限等）
  - Agent Tools 由单文件拆为 tools/ 目录 20+ 模块（filesystem/astro/memory/skill/subagent/team 等）
  - 解析器体系重构（common.rs 836行变更），各解析器同步升级
  - Download 服务重构（562行），反爬策略强化
  - LLM 客户端重构（266行），流式调用优化

  新子系统：
  - Hooks 生命周期系统（9种事件类型，PreToolUse/PostToolUse 支持输入输出拦截）
  - Skills 双层加载系统（system-reminder 轻量注入 + LoadSkillTool 按需加载，notify 文件监听热更新）
  - Memory 项目记忆管理（类型/提取/去重/衰减/保活/选择策略/护栏 7 模块）
  - SubAgent 上下文隔离子代理运行器（独立 ReAct 循环 + Hook 管道）
  - Team 多智能体团队协作（文件 inbox 通信、lead/teammate 协调）
  - TaskBoard DAG 任务依赖管理
  - Trajectory 会话轨迹、Terminal 终止信号、Autonomous 自主模式、Background 异步通知

  数据库：
  - agent_tasks 表（DAG 依赖模式，blocked_by JSON 数组）
  - agent_audit_log 表（工具调用审计：名称/状态/耗时/输出预览）
  - agent_identity 迁移（消息/审计/任务的 agent_name 归属，agent_team_members 团队注册表）

  API：
  - GET /chat/metrics 聚合指标端点
  - GET /chat/sessions/:id/audit 会话审计查询
  - GET /chat/questions + POST /chat/answer 人机交互问答

  工程：
  - 新增依赖：serde_yaml、notify、glob、walkdir、lru
  - Skills 目录含 methodology/plotting/presentation 三个初始 SKILL.md
  - CLAUDE.md 完整项目架构文档

skills/README.md

@@ -0,0 +1,45 @@
+# Agent Skills
+
+按需加载的领域知识模块。参考 Claude Code 的三层设计：
+
+- **Layer 1（系统提示词）**：仅列出 skill 名称（~20 tokens/skill）
+- **Layer 2（load_skill 工具）**：LLM 按需调用，注入完整 SKILL.md 内容
+
+## 目录约定
+
+```
+skills/{name}/SKILL.md       ← 必须是子目录 + SKILL.md
+```
+
+当前仅读取 `SKILL.md` 文件。skill 目录下可以放其他文件（如 `references/`、`scripts/`、`assets/`），但当前版本的加载逻辑不会处理它们。
+
+## SKILL.md 格式
+
+```markdown
+---
+name: skill-name           # 唯一标识（必填）
+description: 一句话描述     # 必填
+context: inline             # 已解析但未生效（依赖子代理架构）
+allowed-tools:              # 已解析但未生效（无权限系统）
+  - bash
+  - read
+---
+
+# Skill 正文
+```
+
+`context` 和 `allowed-tools` 字段会被 `parse_frontmatter()` 解析，`LoadSkillTool` 执行时会在返回内容中标记 `context: fork` 的 skill，但实际执行行为不变——所有 skill 当前都是内联返回 Markdown 文本。
+
+## 添加新 skill
+
+1. 创建 `skills/{name}/SKILL.md`，填写 frontmatter 和正文
+2. 系统提示词在下次请求时自动发现
+3. 无需改动代码
+
+## 当前 Skills
+
+| Skill | 状态 |
+|-------|------|
+| methodology | 就绪 |
+| plotting | 占位 |
+| presentation | 占位 |