feat: Agent 全栈升级——模块化重构、Hooks/Skills/Memory/SubAgent/Team 子系统、审计与任务持久化

架构重构：
  - Agent Runtime 由单文件拆为 runtime/ 目录 12 模块（熔断/流式执行/Token预算/文件缓存/权限等）
  - Agent Tools 由单文件拆为 tools/ 目录 20+ 模块（filesystem/astro/memory/skill/subagent/team 等）
  - 解析器体系重构（common.rs 836行变更），各解析器同步升级
  - Download 服务重构（562行），反爬策略强化
  - LLM 客户端重构（266行），流式调用优化

  新子系统：
  - Hooks 生命周期系统（9种事件类型，PreToolUse/PostToolUse 支持输入输出拦截）
  - Skills 双层加载系统（system-reminder 轻量注入 + LoadSkillTool 按需加载，notify 文件监听热更新）
  - Memory 项目记忆管理（类型/提取/去重/衰减/保活/选择策略/护栏 7 模块）
  - SubAgent 上下文隔离子代理运行器（独立 ReAct 循环 + Hook 管道）
  - Team 多智能体团队协作（文件 inbox 通信、lead/teammate 协调）
  - TaskBoard DAG 任务依赖管理
  - Trajectory 会话轨迹、Terminal 终止信号、Autonomous 自主模式、Background 异步通知

  数据库：
  - agent_tasks 表（DAG 依赖模式，blocked_by JSON 数组）
  - agent_audit_log 表（工具调用审计：名称/状态/耗时/输出预览）
  - agent_identity 迁移（消息/审计/任务的 agent_name 归属，agent_team_members 团队注册表）

  API：
  - GET /chat/metrics 聚合指标端点
  - GET /chat/sessions/:id/audit 会话审计查询
  - GET /chat/questions + POST /chat/answer 人机交互问答

  工程：
  - 新增依赖：serde_yaml、notify、glob、walkdir、lru
  - Skills 目录含 methodology/plotting/presentation 三个初始 SKILL.md
  - CLAUDE.md 完整项目架构文档

skills/methodology/SKILL.md

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+---
+name: methodology
+description: 系统性文献综述方法论——如何高效地完成学术文献调研
+---
+
+# 系统性文献综述方法论
+
+## 工作流程
+
+当用户请求进行文献综述或调研时，按以下步骤进行：
+
+### 1. 范围界定
+- 理解用户的研究问题，提取核心关键词和同义词
+- 使用 `search_papers` 进行 broad search（rows=10~20），了解领域规模
+- 向用户确认搜索范围（时间跨度、子领域、是否包含预印本）
+
+### 2. 按引用数筛选
+- 优先关注高被引文献（citation_count > 10）
+- 同时保留近期重要成果（year >= 当前年份-2）
+- 使用 `get_paper_metadata` 查看候选文献的完整摘要
+
+### 3. 逐篇深读
+- 对筛选出的核心文献（通常 5-10 篇），依次：
+  1. `download_paper` → `parse_paper` → `get_paper_content`
+  2. 提取每篇的关键发现、方法论、数据来源
+  3. 记录文献之间的引用关系和争议点
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+### 4. 补充检索
+- 核心文献的参考文献中如有高频出现但未检索到的文献，用 `search_papers` 补查
+- 使用 `rag_search` 检查本地文献库是否有相关内容
+
+### 5. 交叉验证
+- 对关键结论，检查是否有其他独立研究得出一致/矛盾的结果
+- 注意作者群体和机构是否有明显的学术派系倾向
+
+### 6. 输出综述
+- 使用 `save_note` 保存完整的综述报告
+- 结构：摘要 → 引言 → 方法 → 主要发现 → 争议与共识 → 未来方向 → 参考文献
+- 所有引用使用 ADS bibcode 标注
+- 数学公式使用 LaTeX 格式
+
+## 质量检查清单
+- [ ] 是否覆盖了近 5 年的主要文献？
+- [ ] 引用的结论是否有文献支持？
+- [ ] 不同观点是否得到了平衡呈现？
+- [ ] 是否标注了各文献的方法局限性？