feat: Agent 安全纵深防御、Checkpoint 快照、会话 Rewind/Branch、自进化

Skill、流式执行优化与系统架构全面升级

  本次提交对标 Claude Code 与 Hermes-Agent 的工程细节，在安全、可靠性、
  会话管理、自我进化四个维度进行了系统性加固，变更总量 48 文件 / +12680 -2292 行。

  ═══════ 安全纵深防御 ═══════

  1. Hardline 硬阻止层 (src/agent/runtime/hardline.rs, +534 行)
     - 不可绕过的危险命令拦截（关重启、磁盘擦除、Fork 炸弹、rm -rf /、kill -1）
     - 反规避标准化管线: ANSI 序列剥离 → Unicode NFKC → shell 反斜杠还原 → 空字面量清理
     - 在 PermissionChecker 之前执行，YOLO/Bypass 模式下同样生效
     - 集成到 executor Phase 2，被拒绝工具直接注入错误结果

  2. Permission 优先级裁决器 (src/agent/runtime/permission.rs, +200 行)
     - 7 层正式优先级规则 (P0 Deny → P7 Allow)，带冲突日志
     - explain() 方法支持审计追溯
     - Hook PermissionRequired 与 Checker 结果的正确叠加逻辑

  ═══════ Checkpoint 文件快照系统 ═══════

  3. git2 原生快照 (src/agent/runtime/checkpoint.rs, +920 行)
     - 基于 git2 bare repo，内容寻址自动去重
     - 文件变更操作前自动触发 (file_write/file_edit/run_bash)
     - 每目录每 turn 最多一次快照，防止同一轮重复
     - 支持 list/diff/restore API + pre-rollback 安全快照
     - 旧快照自动 prune（保留最近 N 个）+ 按目录隔离 ref
     - 排除规则自动过滤 node_modules/target/.git/*.pdf 等
     - 集成到 executor: 文件操作前 ckpt.ensure_checkpoint()

  ═══════ 错误恢复系统大升级 ═══════

  4. 21 种 FailoverReason 分类 (src/agent/runtime/error_recovery.rs, +1200 行)
     - 参考 Hermes-Agent error_classifier.py
     - 8 步分类管线: provider-specific → HTTP status → text pattern → error body → fallback
     - is_retryable / should_compress / should_failover / is_permanent 方法
     - Context Overflow 自动修复: 从错误消息提取 token 限制，自动下调预算
     - RecoveryStep::AdjustMaxTokens 实现 (参考 Claude Code 自动修复)
     - 向后兼容 ErrorKind 别名

  ═══════ 会话 Rewind / Branch / Retry 体系 ═══════

  5. 完整 undo 栈 (src/agent/runtime/session.rs, +800 行 + 2 迁移脚本)
     - Rewind (软删除): active=0 标记，审计 trail 保留，LLM 不可见
     - Restore (撤销回退): 冲突检测——回退后有新消息则拒绝，引导使用 Branch
     - Branch: 分叉会话，复制所有 active=1 消息到新会话
     - Retry: 硬删除最后一轮对话，返回原消息文本供前端重提交
     - 数据库: agent_messages.active 列 + agent_sessions.rewind_count + parent_session_id
     - API: 4 个新端点 (/branch, /retry, /rewind, /rewind/restore)
     - load_history_for_agent 全面使用 active=1 过滤

  ═══════ Hooks 系统模块化重构 ═══════

  6. 单文件 → 7 模块体系 (src/agent/hooks/)
     hooks.rs (994 行) 拆分为:
     - mod.rs    — 入口 + HookRegistry + SessionHookManager
     - types.rs  — 类型定义 (Context, TaggedContext, PermissionRequestAction 等)
     - traits.rs — AgentHook + AsyncAgentHook + 15 种生命周期事件
     - matcher.rs — 工具名/参数匹配 + session 作用域过滤
     - dispatch.rs — 并行调度引擎 (run_pre/post_tool_use 等)
     - registry.rs — 注册/注销/查询
     - builtins.rs — CancellationHook + MetricsHook + AuditLogHook + ContextDeduplicator

     关键改进:
     - run_pre_tool_use 并行执行所有匹配 hooks，聚合 Block/MutateInput/Continue
     - TaggedContext 带完整来源标记的上下文注入 (hook_name + event)
     - ContextDeduplicator 单 dispatch cycle 内内容哈希去重
     - AsyncAgentHook 支持 fire-and-forget 异步 hooks

  ═══════ Executor 并发执行升级 ═══════

  7. 三阶段管道重写 (src/agent/runtime/executor.rs, +600 行)
     - Phase 1: 死循环检测 + 参数解析 (不变)
     - Phase 2: Hardline 预检查 (新增) → PermissionChecker (改进)
     - Phase 3: ToolPartitioner 分区 → 逐批次执行 (重写)
       - 并行批次内 FuturesUnordered 并发
       - 串行批次确保非并发安全工具独占执行
       - Checkpoint 预触发集成
     - Hook 上下文注入: system-reminder 格式 + ContextDeduplicator 去重
     - Hook 阻塞错误详细记录

  ═══════ 流式执行真正的流式调度 ═══════

  8. StreamingExecutor 重写 (src/agent/runtime/streaming_executor.rs, ~400 行变更)
     - on_tool_use 中对并发安全工具立即 tokio::spawn，不等待 flush
     - executing_non_concurrent 标志阻塞后继工具直到独占工具完成
     - JoinHandle 管理替代自定义 cancel channel
     - completed_queue 按流顺序 yield
     - Sibling Abort 通过 broadcast channel + tokio::select! 竞速
     - ToolContext 实现 Clone (支持 per-task 上下文复制)

  ═══════ 自改进 Skill 系统 ═══════

  9. PatternDetector + SkillCreator + Curator (src/agent/skills/, +1500 行)
     - PatternDetector: 扫描 agent_messages 表，检测跨 session 重复工具调用模式
     - SkillCreator: 将高置信度模式自动生成 SKILL.md (YAML frontmatter + 工作流步骤)
     - SelfImprovePipeline: 一站式 模式检测 → 创建 → 质量审查
     - Curator: 分析 skill 使用统计，标记 stale/deprecated，建议清理
     - Skill frontmatter 新增 pinned 字段 (禁止 Curator 自动清理)

  ═══════ 基础设施优化 ═══════

  10. 系统提示词缓存 (src/agent/runtime/system_prompt.rs + mod.rs)
      - SystemPromptCache: 首次计算后永久复用，/clear 时失效
      - 新增 SAFETY / SYSTEM_CONTEXT / TOOL_USAGE 静态 section
      - 环境/tools/skills/memory 动态 section 通过 get_or_compute 缓存

  11. ToolRegistry schema 缓存 (src/agent/tools/mod.rs)
      - schema_cache + schema_generation 版本号
      - 工具变更/过滤器变更时自动失效
      - precompute_definitions() 预计算 (AgentRuntime 初始化时调用)

  12. 迭代摘要融合 (src/agent/compact.rs, +100 行)
      - 参考 Hermes context_compressor.py
      - CollapseLog 追踪压缩历史，支持溢出合并
      - extract_prior_summary: 提取已有摘要融入新压缩

  13. SubAgent 系统提示词模块化 (src/agent/tools/subagent.rs)
      - 复用 5 个标准 section + 子代理专有上下文 section
      - 独立 ToolRegistry 构建工具列表

  ═══════ 前端 — CSS 变量主题系统 ═══════

  14. 全新主题变量体系 (dashboard/src/index.css + App.tsx + 各面板)
      - CSS 自定义属性: --bg-card, --text-main, --text-muted, --border-precision
      - 语义化颜色: --accent-blueprint, --accent-star
      - 全面替换硬编码 Tailwind 颜色 (slate-xxx → var(--xxx))
      - 文献入库提示优化 ("核心知识节点" 替代 "向量块")
      - ReaderPanel 样式变量化

docs/architecture/agent/skills.md

@@ -42,7 +42,9 @@ sequenceDiagram
 
 | 文件 | 行数 | 职责 |
 |---|---|---|
-| `src/agent/skills.rs` | 847 | SkillRegistry 缓存、文件解析、热更新、条件激活、系统提示构建 |
+| `src/agent/skills.rs` | ~1100 | SkillRegistry 缓存、文件解析、热更新、条件激活、系统提示构建、SkillCreator / SelfImprovePipeline |
+| `src/agent/skills/pattern_detector.rs` | ~420 | PatternDetector — 从 agent_messages 扫描工具调用序列、子序列匹配、Jaccard 去重 |
+| `src/agent/skills/curator.rs` | ~700 | Curator — Skill 生命周期管理 + CuratorRunner — 后台空闲触发审查 |
 | `src/agent/tools/skill.rs` | 222 | LoadSkillTool — Layer 2 按需加载的 AgentTool 实现 |
 | `src/agent/runtime/mod.rs` | ~1182 | 将 `build_reminder()` 注入 SystemPrompt section 3 |
 | `src/agent/runtime/system_prompt.rs` | ~64 | 静态 system prompt 中引导 LLM 使用 load_skill |
@@ -95,6 +97,7 @@ effort: high
 | `paths` | `string[]` | `[]`（始终激活） | 条件激活的 glob 模式，非空时 skill 仅在匹配文件路径后激活 |
 | `agent` | `string` | — | fork 模式下游的 agent 类型（如 `code-reviewer`），已定义但 LoadSkillTool 尚未使用 |
 | `effort` | `string` | — | fork 模式下的 effort 级别，已定义但 LoadSkillTool 尚未使用 |
+| `pinned` | `bool` | `false` | `true` 时 Curator 强制保持 Active 生命周期，最低质量评分 0.8，不被自动清理 |
 
 ### 当前项目 Skill 清单
 
@@ -112,7 +115,8 @@ effort: high
 SkillFrontmatter          — serde_yaml 解析的 YAML frontmatter，含 validate() 校验方法
     │
     ├──▶ SkillMeta         — Layer 1 摘要（name, description, context, allowed_tools,
-    │                        when_to_use, disable_model_invocation, user_invocable, paths）
+    │                        when_to_use, disable_model_invocation, user_invocable, paths,
+    │                        pinned: bool）
     │
     └──▶ Skill             — Layer 2 完整对象（meta + body + skill_dir）
               │
@@ -120,6 +124,12 @@ SkillFrontmatter          — serde_yaml 解析的 YAML frontmatter，含 valida
                        ├── skills: Vec<Skill>
                        ├── last_scan_mtime: Option<SystemTime>
                        └── usage_stats: HashMap<String, SkillUsageStat>
+
+SelfImprovePipeline       — 一站式管道
+    ├── PatternDetector    — 扫描 agent_messages 检测重复工具调用序列
+    ├── SkillCreator       — 将 DetectedPattern 转换为 SKILL.md 文件
+    └── Curator            — Skill 生命周期管理（Active→Inactive→Stale→Deprecated）
+         └── CuratorRunner — 后台空闲触发审查 + 心跳记录
 ```
 
 ### 关键方法
@@ -319,12 +329,304 @@ Box::new(LoadSkillTool::new(skill_registry)),
 - 团队成员（`teammate.rs`）
 - 后台任务 Agent（`background.rs`）
 
+## Self-improving Skills — 自我进化管道
+
+参考 Hermes-Agent 的 Self-improving Skills 模式，AstroResearch 实现了从**模式检测 → 自动创建 → 生命周期管理**的完整自我进化管道。
+
+### 架构总览
+
+```mermaid
+graph TB
+    subgraph Pipeline["SelfImprovePipeline::run()"]
+        direction TB
+        PD["PatternDetector::scan()<br/>扫描 agent_messages 表"]
+        SC["SkillCreator::create_from_patterns()<br/>生成 SKILL.md 文件"]
+        CR["Curator::analyze()<br/>质量评分 + 生命周期评估"]
+    end
+
+    subgraph Background["后台定期维护"]
+        direction LR
+        Runner["CuratorRunner::spawn()<br/>空闲触发 + 间隔检查"]
+        Archive["archive_stale_skills()<br/>30d stale / 90d deprecated"]
+    end
+
+    PD -->|"Vec&lt;DetectedPattern&gt;"| SC
+    SC -->|"Vec&lt;Skill&gt;"| CR
+    CR -->|"CuratorReport"| Runner
+```
+
+### PatternDetector — 模式检测器
+
+从 `agent_messages` 表中自动发现跨 session 重复的工具调用序列：
+
+```
+检测算法:
+1. 查询每个 session 的 tool 消息（按时间排序）
+2. 滑动窗口 (2-8 长度) 提取所有子序列
+3. 跨 session 频率计数（≥3 次为候选）
+4. Jaccard 相似度去重 + 超序列包含检测
+5. 计算 confidence = frequency_score × similarity_penalty
+```
+
+**数据结构**：
+
+```rust
+pub struct DetectedPattern {
+    pub tool_sequence: Vec<String>,       // 如 ["search_papers", "download_paper", "rag_search"]
+    pub session_ids: Vec<String>,         // 出现的 session
+    pub frequency: usize,                 // 跨 session 出现次数
+    pub confidence: f64,                  // 0.0-1.0 置信度
+    pub fingerprint: String,              // 去重指纹
+}
+```
+
+**置信度计算**：
+```
+confidence = ln(frequency) / ln(3) × (1 - max_jaccard_similarity_with_other_patterns)
+```
+即：频率越高越好，与已有模式越不相似越好。
+
+### SkillCreator — 自动 Skill 生成
+
+将 `DetectedPattern` 转换为完整的 `SKILL.md` 文件：
+
+```rust
+pub struct SkillCreator {
+    skills_dir: PathBuf,
+}
+
+impl SkillCreator {
+    /// 检测到的模式 → 写入 skills/{kebab-case-name}/SKILL.md
+    pub fn create_from_patterns(
+        &self,
+        patterns: &[DetectedPattern],
+        dry_run: bool,  // dry_run=true 时只预览不移交
+    ) -> Result<Vec<Skill>, Error>;
+
+    /// 工具序列名 → kebab-case skill 名称
+    fn pattern_to_skill_name(tools: &[String]) -> String;
+    // 例: ["search_papers", "download_paper", "rag_search"] → "search-download-rag"
+
+    /// 生成 SKILL.md 正文（含 YAML frontmatter + step-by-step 指引）
+    fn generate_skill_md(pattern: &DetectedPattern) -> String;
+}
+```
+
+生成的 SKILL.md 自动包含：
+- `pinned: false`（初始不固定）
+- `when_to_use` 自动从工具名推断
+- 每个工具调用作为 `<step>` 写入正文
+- `version: "0.1.0"`（自动生成版本）
+
+### Curator — Skill 生命周期管理
+
+基于 Hermes-Agent `curator.py` 的设计，实现确定性的时间戳驱动生命周期：
+
+```mermaid
+stateDiagram-v2
+    [*] --> Active: 创建 / 使用
+    Active --> Active: seed_record (0d) / 有调用记录
+    Active --> Inactive: 7d 无使用
+    Inactive --> Active: 再次使用
+    Inactive --> Stale: 30d 无使用
+    Stale --> Deprecated: 90d 无使用
+    Deprecated --> [*]: 手动删除
+
+    state Active {
+        [*] --> Pinned: pinned=true
+        Pinned --> Pinned: 强制保持 (min_score=0.8)
+    }
+```
+
+**生命周期状态**：
+
+| 状态 | 条件 | 行为 |
+|------|------|------|
+| `Active` | 最近使用 ≤ 7 天 | 正常在 remind 列表中出现 |
+| `Inactive` | 7-30 天未使用 | 不出现在 remind 列表，可被重新激活 |
+| `Stale` | 30-90 天未使用 | 标记为 stale，出现在清理候选列表 |
+| `Deprecated` | > 90 天未使用 | 建议归档或删除 |
+
+**质量评分**：
+
+```
+quality_score = ln(1 + invoke_count) × 0.5^(days_since_last_use / 7)
+```
+
+**Pinned 保护**：`pinned=true` 的 skill 强制 `Active` 状态，最低评分 0.8，不会出现在清理候选列表中。
+
+### Seed Record — 新 Skill 锚定时钟
+
+新创建或自动生成的 skill 可能没有使用统计，`seed_record` 机制防止它们被立即标记为 stale：
+
+```rust
+fn evaluate_quality(&self, skill: &Skill, stats: Option<&SkillUsageStat>) -> SkillQuality {
+    let (invoke_count, days_since_last_use) = match stats {
+        Some(s) => (s.invoke_count, s.days_since_last_use()),
+        None => (
+            0,
+            // seed_record: 无统计 → days_since_last_use = 0（视为刚创建）
+            Some(0),
+        ),
+    };
+    // 如果 days_since_last_use <= 7 (NEW_SKILL_GRACE_PERIOD_DAYS) → Active
+    // ...
+}
+```
+
+关键常量：
+- `NEW_SKILL_GRACE_PERIOD_DAYS = 7`：新 skill 在 7 天内即使零调用也保持 Active
+- `STALE_THRESHOLD_DAYS = 30`：30 天未用标记为 stale
+- `DEPRECATED_THRESHOLD_DAYS = 90`：90 天未用标记为 deprecated
+
+### CuratorRunner — 后台空闲触发审查
+
+参考 Hermes-Agent 的 inactivity-triggered curator：
+
+```mermaid
+sequenceDiagram
+    participant User as 用户交互
+    participant App as AgentRuntime
+    participant CR as CuratorRunner
+    participant Curator as Curator
+
+    Note over CR: 后台 tokio task
+    loop 每 check_interval
+        CR->>CR: should_run_now()
+        alt 未暂停 AND 空闲 > min_idle AND 距上次 > interval
+            CR->>Curator: run_once()
+            Curator->>Curator: evaluate_quality() / archive_stale_skills()
+            Curator-->>CR: CuratorReport
+        else 不满足条件
+            CR->>CR: skip
+        end
+    end
+
+    User->>App: 发送查询
+    App->>CR: record_activity() 更新心跳
+```
+
+**CuratorRunner API**：
+
+```rust
+pub struct CuratorRunner {
+    curator: Curator,
+    db: SqlitePool,
+    interval: Duration,          // 最小审查间隔（默认 7 天）
+    min_idle: Duration,          // 最小空闲时间（默认 2 小时）
+    check_interval: Duration,    // 检查间隔（默认 1 小时）
+    paused: AtomicBool,
+    last_activity: RwLock<Instant>,
+    last_run: RwLock<Option<Instant>>,
+}
+
+impl CuratorRunner {
+    pub fn new(curator: Curator, db: SqlitePool) -> Self;
+    pub fn with_interval(mut self, interval: Duration) -> Self;
+    pub fn with_min_idle(mut self, min_idle: Duration) -> Self;
+
+    /// 判断是否应运行：未暂停 + 空闲超时 + 距上次超间隔
+    pub fn should_run_now(&self) -> bool;
+
+    /// 记录用户活动心跳
+    pub async fn record_activity(&self);
+
+    /// 执行一次审查（仅在 should_run_now 时）
+    pub async fn run_once(
+        &self,
+        usage_stats: &HashMap<String, SkillUsageStat>,
+        skill_metas: &[SkillMeta],
+    ) -> Option<CuratorReport>;
+
+    /// 启动后台任务
+    pub fn spawn(
+        self: Arc<Self>,
+        usage_stats: Arc<RwLock<HashMap<String, SkillUsageStat>>>,
+        skill_metas: Arc<RwLock<Vec<SkillMeta>>>,
+        check_interval: Duration,
+    ) -> JoinHandle<()>;
+
+    pub fn pause(&self);
+    pub fn resume(&self);
+}
+```
+
+**使用示例**：
+
+```rust
+let curator = Curator::new(skills_dir.clone());
+let runner = Arc::new(
+    CuratorRunner::new(curator, db_pool.clone())
+        .with_interval(Duration::from_secs(7 * 24 * 3600))   // 最少间隔 7 天
+        .with_min_idle(Duration::from_secs(2 * 3600)),        // 空闲 2 小时后
+);
+
+// 每次用户交互时更新心跳
+runner.record_activity().await;
+
+// 启动后台任务
+let _handle = runner.spawn(usage_stats, skill_metas, Duration::from_secs(3600));
+```
+
+### SelfImprovePipeline — 一站式管道
+
+```rust
+pub struct SelfImprovePipeline {
+    detector: PatternDetector,
+    creator: SkillCreator,
+    curator: Curator,
+}
+
+impl SelfImprovePipeline {
+    pub fn new(db: SqlitePool, skills_dir: PathBuf) -> Self;
+
+    /// 完整管道：检测 → 创建 → 审查
+    pub async fn run(&self, dry_run: bool) -> Result<SelfImproveResult>;
+
+    /// 仅检测模式（不创建）
+    pub async fn detect_only(&self) -> Result<Vec<DetectedPattern>>;
+
+    /// 仅分析已有 skills（不检测新模式）
+    pub async fn analyze_only(
+        &self,
+        usage_stats: &HashMap<String, SkillUsageStat>,
+        skill_metas: &[SkillMeta],
+    ) -> Result<CuratorReport>;
+}
+
+pub struct SelfImproveResult {
+    pub patterns_found: usize,
+    pub skills_created: usize,
+    pub skills_created_names: Vec<String>,
+    pub curator_report: CuratorReport,
+}
+```
+
+**管道流程**：
+
+```
+SelfImprovePipeline::run(dry_run=true)
+  │
+  ├─ 1. PatternDetector::scan()
+  │     └─ 从 agent_messages 中检测 ≥3 次跨 session 重复序列
+  │     └─ 结果: Vec<DetectedPattern>（按 confidence 降序）
+  │
+  ├─ 2. SkillCreator::create_from_patterns(patterns, dry_run)
+  │     ├─ dry_run=true  → 只记录日志，不写入文件
+  │     └─ dry_run=false → 写入 skills/ 目录 + 触发 SkillRegistry::refresh()
+  │
+  └─ 3. Curator::analyze(usage_stats, skill_metas)
+        └─ 质量评分 + 生命周期状态 + 清理建议
+```
+
+---
+
 ## 与 Claude Code 参考设计的对应关系
 
-| Claude Code 概念 | AstroResearch 实现 |
-|---|---|
+| Claude Code / Hermes 概念 | AstroResearch 实现 |
+|---|---|---|
 | `src/skills/` 目录 + `SKILL.md` | 完全相同 |
-| YAML frontmatter（name, description, context, allowed-tools...） | 相同，增加 `version`、`agent`、`effort`、`paths` 字段 |
+| YAML frontmatter（name, description, context, allowed-tools...） | 相同，增加 `version`、`agent`、`effort`、`paths`、`pinned` 字段 |
 | `<system-reminder>` Layer 1 注入 | `build_reminder()` → 结构化 XML 块 |
 | `SkillTool` Layer 2 按需加载 | `LoadSkillTool`（AgentTool trait 实现） |
 | inline 模式（注入指令内容） | ✅ 实现 |
@@ -334,6 +636,11 @@ Box::new(LoadSkillTool::new(skill_registry)),
 | 条件 skill（paths glob） | ✅ `activate_conditional_for_paths()` |
 | 变量替换 | ✅ `${SKILL_DIR}`, `${SESSION_ID}` |
 | `Skill` 工具接口 + `skill` slash command | LoadSkillTool（tool 形式），前端的 `/skill-name` 通过 tool 调用实现 |
+| Hermes: Self-improving Skills（模式检测 + 自动创建） | ✅ `PatternDetector` + `SkillCreator` + `SelfImprovePipeline` |
+| Hermes: Curator 生命周期管理 | ✅ `Curator`（Active/Inactive/Stale/Deprecated） |
+| Hermes: Pinned Skills（不可清理） | ✅ `pinned: true` frontmatter + Curator 保护 |
+| Hermes: Seed Record（新 skill 锚定时钟） | ✅ `days_since_last_use=Some(0)` + 7 天 grace period |
+| Hermes: Inactivity-triggered Runner | ✅ `CuratorRunner`（后台 tokio task + 心跳记录） |
 
 ---