feat: Agent 思考模式前端可控、子代理全链路持久化、权限系统、工具 ID 追踪体系、前端面板与文档架构重构
- AgentConfig/LlmClient 新增 enable_thinking 参数，前端 SSE 请求传递 thinking 开关，仅千问/DashScope 时启用 - 完善权限系统，支持细粒度的权限控制和用户权限申请 - delegate_research 工具重命名为 subagent，SubAgentTool/SubAgentRunner 重构 - 子代理消息（system/user/assistant/tool）持久化到 agent_messages 表，带 agent_name 标识 - 子代理活动日志（工具调用列表+思考摘要）注入返回结果，Hooks 获得正确 session_id 和 subagent_name - LLM 工具调用 ID 回退生成 UUID（llm.rs），ToolCall/ToolResult SSE 事件增加 id/tool_call_id 双字段 - ToolContext 扩展 session_id/sse_tx/enable_thinking 字段，executor 统一注入而非构造函数传参 - agent_messages 新增 metadata+raw_json 列，agent_sessions 暴露 summary 字段 - 删除文件级 transcript 快照（compact.rs），改为依赖 DB 持久化 - ResearchAgentPanel 重写：TimelineItem 类型替代 StreamStep，支持会话历史回放 - 新增 AgentMetricsPanel/AskUserQuestionCard/AuditLogViewer 三个前端组件，types.ts 完整类型定义 - docs/architecture/ 分层重组：概览/核心模块/核心工作流 + agent/ 子目录 11 篇专题文档 - docs/api.md 补充 RAG/Target/Agent 接口，docs/development.md 新建开发指南 - .env.example 完全重写，补充 FALLBACK_MODEL 等变量说明
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# AstroResearch Configuration Template
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# Copy this to .env and fill in your details
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# =============================================================================
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# AstroResearch 环境变量模板
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# 复制此文件为 .env 并填入你的配置值
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# =============================================================================
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# NASA ADS API Key (Get from ui.adsabs.harvard.edu)
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# ─────────────────────────────────────────────────────────────────────────────
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# 1. 核心 API 服务
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# ─────────────────────────────────────────────────────────────────────────────
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# NASA ADS API Token（从 ui.adsabs.harvard.edu 申请）
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ADS_API_KEY=your_ads_api_key_here
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# LLM Translation Provider Settings (OpenAI-compatible endpoints)
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# 大语言模型配置（兼容 OpenAI 接口协议）
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LLM_API_KEY=your_llm_api_key_here
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LLM_API_BASE=https://api.deepseek.com/v1
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# Examples: deepseek-chat, gpt-4o-mini, gemini-1.5-flash
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LLM_MODEL=deepseek-chat
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LLM_API_BASE=https://api.openai.com/v1
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# 可选模型示例：deepseek-chat, qwen-flash, gpt-4o-mini
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LLM_MODEL=gpt-4o-mini
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# Embedding Model Settings (OpenAI-compatible endpoints, falls back to LLM keys if unspecified)
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EMBEDDING_API_KEY=your_embedding_api_key_here
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EMBEDDING_API_BASE=https://api.openai.com/v1
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EMBEDDING_MODEL=text-embedding-3-small
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# 备用模型（连续 3 次 529 过载后自动切换，可选）
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# FALLBACK_MODEL=gpt-4o-mini
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# 向量嵌入模型配置（未设置时默认回退到 LLM 的 API Key 和 Base）
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# EMBEDDING_API_KEY=your_embedding_api_key_here
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# EMBEDDING_API_BASE=https://api.openai.com/v1
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# EMBEDDING_MODEL=text-embedding-3-small
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# 向量维度（需与所选模型输出维度一致，默认 1536）
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# EMBEDDING_DIM=1536
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# 2. 七牛云对象存储（PDF 解析后的配图托管）
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# ─────────────────────────────────────────────────────────────────────────────
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# Qiniu Cloud Storage Config (For hosting PDF-extracted layout images)
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QINIU_AK=your_qiniu_access_key_here
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QINIU_SK=your_qiniu_secret_key_here
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QINIU_BUCKET=your_bucket_name
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QINIU_DOMAIN=http://your_cdn_domain.com
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# MinerU PDF Layout Extractor Remote API (If not using HTML)
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MINERU_API_URL=http://mineru.remote-api.com/api/v1/extract
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MINERU_API_KEY=your_mineru_api_key
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# ─────────────────────────────────────────────────────────────────────────────
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# 3. 文档解析服务
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# ─────────────────────────────────────────────────────────────────────────────
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# Local Data Paths
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# MinerU PDF 解析远程 API（不使用 HTML 解析时可选）
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# MINERU_API_URL=https://mineru.net/api/v4/extract/task
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# MINERU_API_KEY=your_mineru_api_key_here
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# ─────────────────────────────────────────────────────────────────────────────
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# 4. 本地路径与端口
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# SQLite 数据库路径
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DATABASE_URL=sqlite://library/astro_research.db
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# 本地文献馆藏根目录
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LIBRARY_DIR=./library
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# Agent Skills 目录（Markdown 知识模块）
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SKILLS_DIR=./skills
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# 后端服务监听端口
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PORT=8000
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DATABASE_URL=sqlite://astro_research.db
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# Logging Configuration (Pretty console and rolling file logging)
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# ─────────────────────────────────────────────────────────────────────────────
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# 5. 日志配置
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# ─────────────────────────────────────────────────────────────────────────────
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# 日志级别：trace / debug / info / warn / error（可指定模块级别，如 info,astroresearch=debug）
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LOG_LEVEL=info,astroresearch=debug
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# 日志格式：pretty（彩色）或 json（结构化）
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LOG_FORMAT=pretty
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# 日志输出目标：stdout（控制台）、file（文件），逗号分隔可同时启用
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LOG_OUTPUTS=stdout,file
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# 日志文件目录（仅 LOG_OUTPUTS 含 file 时生效）
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LOG_DIR=./logs
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# ─────────────────────────────────────────────────────────────────────────────
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# 6. Agent 运行时参数
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# 最大 ReAct 推理步数（默认 8）
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# AGENT_MAX_STEPS=8
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# 单个工具执行超时秒数（默认 120）
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# AGENT_TOOL_TIMEOUT_SECS=120
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# 工具输出截断字符数（默认 4000）
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# AGENT_MAX_TOOL_OUTPUT_CHARS=4000
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# 上下文触发压缩的字符阈值（默认 16000）
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# AGENT_CONTEXT_CHAR_LIMIT=16000
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# Token 软限制：触发渐进式提醒（默认 32000）
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# AGENT_TOKEN_SOFT_LIMIT=32000
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# Token 硬限制：触发强制压缩或终止（默认 40000）
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# AGENT_TOKEN_HARD_LIMIT=40000
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# 触发 snip 压缩的最大消息数（默认 50）
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# AGENT_MAX_MESSAGES=50
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# ── 权限系统 ──
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# Agent 工具权限规则（逗号分隔，支持内容级匹配 "ToolName(pattern)"）
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# 规则优先级: Deny > Ask > Allow（先匹配先生效）
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#
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# 格式: "tool_name" → 工具级规则
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# "tool_name(content_pattern)" → 内容级规则
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# 示例: "run_bash(rm *)" 匹配以 rm 开头的 bash 命令
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# "read_file(*.env)" 匹配 .env 后缀的文件读取
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# "file_write(/etc/*)" 匹配 /etc/ 下的文件写入
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#
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# 权限模式:
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# default — 标准：逐项按规则决定（默认）
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# accept_edits — 工作目录内的 file_write/file_edit 自动允许
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# bypass — 跳过所有 Ask 检查（Deny 规则仍生效）
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# dont_ask — 将所有 Ask 转为 Deny
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# AGENT_PERMISSION_MODE=default
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#
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# 拒绝规则（逗号分隔，不可覆盖）
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# AGENT_PERMISSIONS_DENY=run_bash(rm *),run_bash(sudo *)
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# 允许规则（逗号分隔，显式允许）
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# AGENT_PERMISSIONS_ALLOW=read_file,grep_files,glob_files,search_papers
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# 询问规则（逗号分隔，需用户确认）
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# AGENT_PERMISSIONS_ASK=run_bash,file_write,file_edit,download_paper
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# ─────────────────────────────────────────────────────────────────────────────
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# 7. 自动记忆提取（实验性功能）
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# 是否启用自动记忆提取（默认 false）
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# EXTRACT_MEMORY_ENABLED=false
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# 记忆提取节流间隔：每 N 个 turn 触发一次（默认 3）
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# EXTRACT_MEMORY_THROTTLE_TURNS=3
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# 记忆提取子代理最大步数（默认 3）
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# EXTRACT_MEMORY_MAX_STEPS=3
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# 8. 其他
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# Obscura 浏览器 Profile 轮换（绕过 Cloudflare/WAF，默认 true）
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# OBSCURA_ROTATE_PROFILE=true
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