feat: Agent 思考模式前端可控、子代理全链路持久化、权限系统、工具 ID 追踪体系、前端面板与文档架构重构

- AgentConfig/LlmClient 新增 enable_thinking 参数，前端 SSE 请求传递 thinking
  开关，仅千问/DashScope 时启用
  - 完善权限系统，支持细粒度的权限控制和用户权限申请
  - delegate_research 工具重命名为 subagent，SubAgentTool/SubAgentRunner 重构
  - 子代理消息（system/user/assistant/tool）持久化到 agent_messages 表，带 agent_name 标识
  - 子代理活动日志（工具调用列表+思考摘要）注入返回结果，Hooks 获得正确 session_id 和 subagent_name
  - LLM 工具调用 ID 回退生成 UUID（llm.rs），ToolCall/ToolResult SSE 事件增加 id/tool_call_id 双字段
  - ToolContext 扩展 session_id/sse_tx/enable_thinking 字段，executor 统一注入而非构造函数传参
  - agent_messages 新增 metadata+raw_json 列，agent_sessions 暴露 summary 字段
  - 删除文件级 transcript 快照（compact.rs），改为依赖 DB 持久化
  - ResearchAgentPanel 重写：TimelineItem 类型替代 StreamStep，支持会话历史回放
  - 新增 AgentMetricsPanel/AskUserQuestionCard/AuditLogViewer 三个前端组件，types.ts 完整类型定义
  - docs/architecture/ 分层重组：概览/核心模块/核心工作流 + agent/ 子目录 11 篇专题文档
  - docs/api.md 补充 RAG/Target/Agent 接口，docs/development.md 新建开发指南
  - .env.example 完全重写，补充 FALLBACK_MODEL 等变量说明

Cargo.toml

@@ -46,8 +46,8 @@ flate2 = "1.1.9"
 zip = "8.6.0"
 uuid = { version = "1.23.2", features = ["v4"] }
 tracing-appender = "0.2.5"
-obscura-browser = { path = "/home/fmq/program/AstroResearch/libs/obscura/crates/obscura-browser", optional = true }
-obscura-net = { path = "/home/fmq/program/AstroResearch/libs/obscura/crates/obscura-net", optional = true }
+obscura-browser = { path = "libs/obscura/crates/obscura-browser", optional = true }
+obscura-net = { path = "libs/obscura/crates/obscura-net", optional = true }
 libsqlite3-sys = { version = "0.27.0", features = ["bundled"] }
 sqlite-vec = "0.1.9"
 clap = { version = "4", features = ["derive"] }