feat: Agent 思考模式前端可控、子代理全链路持久化、权限系统、工具 ID 追踪体系、前端面板与文档架构重构
- AgentConfig/LlmClient 新增 enable_thinking 参数，前端 SSE 请求传递 thinking 开关，仅千问/DashScope 时启用 - 完善权限系统，支持细粒度的权限控制和用户权限申请 - delegate_research 工具重命名为 subagent，SubAgentTool/SubAgentRunner 重构 - 子代理消息（system/user/assistant/tool）持久化到 agent_messages 表，带 agent_name 标识 - 子代理活动日志（工具调用列表+思考摘要）注入返回结果，Hooks 获得正确 session_id 和 subagent_name - LLM 工具调用 ID 回退生成 UUID（llm.rs），ToolCall/ToolResult SSE 事件增加 id/tool_call_id 双字段 - ToolContext 扩展 session_id/sse_tx/enable_thinking 字段，executor 统一注入而非构造函数传参 - agent_messages 新增 metadata+raw_json 列，agent_sessions 暴露 summary 字段 - 删除文件级 transcript 快照（compact.rs），改为依赖 DB 持久化 - ResearchAgentPanel 重写：TimelineItem 类型替代 StreamStep，支持会话历史回放 - 新增 AgentMetricsPanel/AskUserQuestionCard/AuditLogViewer 三个前端组件，types.ts 完整类型定义 - docs/architecture/ 分层重组：概览/核心模块/核心工作流 + agent/ 子目录 11 篇专题文档 - docs/api.md 补充 RAG/Target/Agent 接口，docs/development.md 新建开发指南 - .env.example 完全重写，补充 FALLBACK_MODEL 等变量说明
This commit is contained in:
@@ -85,15 +85,14 @@ cp .env.example .env
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## 3. 技术文档结构 (Documentation Directory)
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详细的技术和部署设计文档已集中整理至 `docs/` 目录：
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- 🏗️ **[架构设计](docs/architecture.md)**：包含系统宏观流程图与序列图。
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- 🌐 **[API 接口规范](docs/api.md)**：后端 Axum 路由及 HTTP 接口格式。
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- 🗄️ **[数据库设计](docs/database.md)**：SQLite 表结构、ER 图与索引优化。
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- 🎨 **[视觉与交互设计](docs/design.md)**：高对比度浅色中文控制台、自研 Canvas 图谱引擎说明。
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- 🛠️ **[排障指南](docs/troubleshooting.md)**：人机校验、解析失败等常见问题解法。
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- 🚀 **[编译与部署指南](docs/deployment.md)**：单执行文件打包与发布流程。
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- 🤝 **[参与贡献指南](docs/contributing.md)**：开发规范及单元测试。
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- 🏗️ **[架构设计](docs/architecture.md)** — 系统宏观架构、Agent 子系统、Mermaid 流程图
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- 🌐 **[API 接口规范](docs/api.md)** — 全部 Axum REST 端点与 SSE 事件
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- 🗄️ **[数据库设计](docs/database.md)** — SQLite 表结构、ER 图、迁移历史
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- 🛠️ **[开发指南](docs/development.md)** — 构建/测试/环境变量/项目结构
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- 🎨 **[视觉设计](docs/design.md)** — UI 设计系统与交互体验
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- 🚀 **[部署指南](docs/deployment.md)** — 生产构建与发布
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- 🔧 **[排障指南](docs/troubleshooting.md)** — 常见问题与解决方案
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- 🤝 **[参与贡献](docs/contributing.md)** — 代码规范与测试要求
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@@ -102,50 +101,38 @@ cp .env.example .env
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AstroResearch/
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├── src/
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│ ├── main.rs # Axum 服务入口：路由注册、中间件、静态资源托管
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│ ├── lib.rs # 库入口：Config 配置结构体与环境变量加载
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│ ├── api/ # API 层（模块化拆分）
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│ │ ├── mod.rs # AppState / StandardPaper 定义 + handlers 兼容命名空间
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│ │ ├── helpers.rs # 共享工具函数：格式转换、数据库读写、路径校验
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│ │ ├── papers.rs # 文献相关：检索、下载、上传、解析、翻译、引文、导出
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│ │ ├── notes.rs # 笔记 CRUD：创建、查询、删除
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│ │ └── sync.rs # 批量同步：元数据同步、资源同步、查询管理
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│ ├── bin/
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│ │ └── health_check.rs # 独立二进制：馆藏健康度诊断与修复工具
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│ ├── clients/
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│ │ ├── ads.rs # NASA ADS API 客户端
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│ │ ├── arxiv.rs # arXiv Atom XML API 客户端
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│ │ └── qiniu.rs # 七牛云对象存储客户端
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│ └── services/
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│ ├── batch/ # 批量同步引擎（模块化拆分）
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│ │ ├── mod.rs # 公共导出
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│ │ ├── meta.rs # 元数据大批量采集 (MetaSync)
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│ │ └── asset.rs # 物理资源批量处理 (AssetSync)
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│ ├── download.rs # 文献下载器：反爬伪装、多级回退、错误记录
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│ ├── parser.rs # HTML/PDF → Markdown 解析器
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│ ├── translation.rs # LLM 翻译器 + Trie 词典
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│ ├── query_parser.rs # 高级检索语法解析
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│ └── logging.rs # 日志系统：控制台美化 + 滚动文件
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├── dashboard/
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│ └── src/
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│ ├── App.tsx # 全局状态管理与布局
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│ ├── types.ts # TypeScript 类型定义
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│ ├── components/
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│ │ ├── CitationGalaxyCanvas.tsx # Canvas 力导向引文星系图
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│ │ └── CustomSelect.tsx # 可复用下拉选择组件
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│ └── features/
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│ ├── search/SearchPanel.tsx # 跨源检索面板
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│ ├── library/LibraryPanel.tsx # 馆藏管理面板
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│ ├── reader/ReaderPanel.tsx # 双语对照阅读器
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│ ├── citation/CitationPanel.tsx # 引文图谱面板
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│ ├── sync/SyncPanel.tsx # 批量同步控制台
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│ └── settings/SettingsPanel.tsx # 系统设置
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├── migrations/ # SQLite 数据库迁移脚本
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├── library/ # 本地文献物理存储目录
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│ ├── PDF/ # 下载的 PDF 文件
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│ ├── HTML/ # 下载的 HTML 文件
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│ ├── Markdown/ # 解析后的 Markdown 文件
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│ └── Translation/ # 翻译后的中文 Markdown 文件
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├── docs/ # 技术文档
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│ ├── main.rs # Axum 服务入口：路由、中间件、静态资源托管
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│ ├── lib.rs # Config 配置加载
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│ ├── api/ # HTTP handlers + AppState
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│ │ ├── agent.rs # SSE 智能体对话、会话管理、指标、审计
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│ │ ├── papers.rs # 文献检索/下载/解析/翻译/引文/导出
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│ │ ├── notes.rs # 笔记 CRUD
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│ │ ├── sync.rs # 批量同步
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│ │ ├── targets.rs # 天体目标识别
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│ │ └── helpers.rs # 共享工具函数
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│ ├── agent/ # ReAct 智能体引擎 (参考 Claude Code 分层设计)
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│ │ ├── runtime/ # ReAct 循环、流式执行、Token 管理、权限、熔断
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│ │ ├── tools/ # 工具系统 (filesystem/ astro/ memory/ team/)
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│ │ ├── compact/ # 三层上下文压缩
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│ │ ├── memory/ # 项目记忆管理 (提取/去重/衰减/保活/护栏)
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│ │ ├── team/ # 多 Agent 团队协作
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│ │ ├── hooks.rs # 生命周期事件系统
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│ │ ├── skills.rs # 技能注册表 (热加载)
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│ │ ├── subagent.rs # 上下文隔离子代理
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│ │ └── terminal.rs # 循环终止信号
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│ ├── clients/ # 外部 API 客户端 (ADS, arXiv, LLM, Qiniu)
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│ ├── services/ # 业务逻辑
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│ │ ├── parser/ # HTML/PDF → Markdown 解析器 (A&A, IOP, ar5iv, MinerU)
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│ │ ├── batch/ # 批量同步引擎
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│ │ ├── download.rs # 文献下载器 (反爬伪装、多级回退)
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│ │ ├── translation.rs # LLM 翻译 + Trie 天文词典
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│ │ └── rag.rs # 向量检索增强生成
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│ └── bin/ # 独立二进制 (cli, health_check, reparse)
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├── dashboard/ # React 19 + Vite + TypeScript 前端
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│ └── src/features/ # search/ library/ reader/ citation/ agent/ sync/ settings/
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├── skills/ # Agent Skills (Markdown 知识模块)
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├── migrations/ # SQLite 迁移脚本
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├── library/ # 本地文献存储 (PDF/HTML/Markdown/Translation)
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├── docs/ # 技术文档 (架构/API/数据库/开发/部署/排障)
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└── dictionary.txt # 天文学双语名词词典
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