feat: Agent 思考模式前端可控、子代理全链路持久化、权限系统、工具 ID 追踪体系、前端面板与文档架构重构

- AgentConfig/LlmClient 新增 enable_thinking 参数，前端 SSE 请求传递 thinking
  开关，仅千问/DashScope 时启用
  - 完善权限系统，支持细粒度的权限控制和用户权限申请
  - delegate_research 工具重命名为 subagent，SubAgentTool/SubAgentRunner 重构
  - 子代理消息（system/user/assistant/tool）持久化到 agent_messages 表，带 agent_name 标识
  - 子代理活动日志（工具调用列表+思考摘要）注入返回结果，Hooks 获得正确 session_id 和 subagent_name
  - LLM 工具调用 ID 回退生成 UUID（llm.rs），ToolCall/ToolResult SSE 事件增加 id/tool_call_id 双字段
  - ToolContext 扩展 session_id/sse_tx/enable_thinking 字段，executor 统一注入而非构造函数传参
  - agent_messages 新增 metadata+raw_json 列，agent_sessions 暴露 summary 字段
  - 删除文件级 transcript 快照（compact.rs），改为依赖 DB 持久化
  - ResearchAgentPanel 重写：TimelineItem 类型替代 StreamStep，支持会话历史回放
  - 新增 AgentMetricsPanel/AskUserQuestionCard/AuditLogViewer 三个前端组件，types.ts 完整类型定义
  - docs/architecture/ 分层重组：概览/核心模块/核心工作流 + agent/ 子目录 11 篇专题文档
  - docs/api.md 补充 RAG/Target/Agent 接口，docs/development.md 新建开发指南
  - .env.example 完全重写，补充 FALLBACK_MODEL 等变量说明

docs/contributing.md

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 # AstroResearch Contributing Guide / 参与贡献
 
-我们欢迎社区共同参与 AstroResearch 的开发与优化。以下是关于本地开发调试、代码规范和测试的说明。
+我们欢迎社区共同参与 AstroResearch 的开发与优化。
+
+环境搭建和项目结构详见 **[开发指南](development.md)**。
 
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-## 1. 开发者本地环境搭建 (Developer Setup)
-
-### 后端开发环境 (Rust)
-1. 准备 Rust 工具链 (Edition 2021)。
-2. 安装 SQLx CLI（可选，用于生成迁移文件）：
-   ```bash
-   cargo install sqlx-cli --no-default-features --features sqlite
-   ```
-3. 启动开发模式下的 Rust 服务：
-   ```bash
-   cargo run
-   ```
-
-### 前端开发环境 (React + TypeScript)
-1. 进入 `dashboard` 目录，安装依赖：
-   ```bash
-   cd dashboard
-   npm install
-   ```
-2. 启动开发服务器（支持 HMR 热更新及 API 请求代理转发）：
-   ```bash
-   npm run dev
-   ```
+## 1. 项目结构约定 (Project Structure Conventions)
 
 ---
 
-## 2. 项目结构约定 (Project Structure Conventions)
-
-### 后端模块化架构
-
-后端代码已从单文件架构重构为模块化架构：
-
-- **API 层** (`src/api/`)：按职责拆分为 `papers.rs`（文献相关）、`notes.rs`（笔记相关）、`sync.rs`（同步相关）、`helpers.rs`（共享工具），通过 `mod.rs` 统一暴露 `AppState`、`StandardPaper` 和向后兼容的 `handlers` 命名空间。
-- **服务层** (`src/services/`)：批量同步引擎从单文件 `batch_sync.rs` 拆分为 `batch/mod.rs` + `meta.rs` + `asset.rs`，同时通过 `pub mod batch_sync` 保持路径兼容。
-- **独立工具** (`src/bin/`)：`health_check.rs` 作为独立二进制程序，可直接运行。
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-### 前端组件化架构
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-- **可复用组件** (`components/`)：`CustomSelect` 替代所有原生 `<select>`，保持视觉一致性。
-- **功能模块** (`features/`)：按功能域划分（search、library、reader、citation、sync、settings）。
-- **类型定义** (`types.ts`)：集中管理所有接口类型，与后端 `StandardPaper` 结构体保持同步。
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-## 3. 编码规范 (Coding Style Guidelines)
+## 2. 编码规范 (Coding Style Guidelines)
 
 ### Rust 规范 (Backend)
 - 遵循 Rust 官方标准样式，提交前必须执行 `cargo fmt` 与 `cargo clippy`。
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-## 4. 测试与验证 (Testing)
+## 3. 测试与验证 (Testing)
 
 ### 运行后端单元测试
 系统为各个下载、解析、词典分词、接口提取等模块设计了健全的测试。运行测试命令：
@@ -89,7 +51,7 @@ cargo run --bin health_check
 
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-## 5. 数据库迁移 (Database Migrations)
+## 4. 数据库迁移 (Database Migrations)
 
 添加新的数据库字段或表时，需在 `migrations/` 目录下创建新的迁移脚本：
 1. 文件命名格式：`YYYYMMDDHHMMSS_description.sql`