feat: Agent 思考模式前端可控、子代理全链路持久化、权限系统、工具 ID 追踪体系、前端面板与文档架构重构

- AgentConfig/LlmClient 新增 enable_thinking 参数，前端 SSE 请求传递 thinking
  开关，仅千问/DashScope 时启用
  - 完善权限系统，支持细粒度的权限控制和用户权限申请
  - delegate_research 工具重命名为 subagent，SubAgentTool/SubAgentRunner 重构
  - 子代理消息（system/user/assistant/tool）持久化到 agent_messages 表，带 agent_name 标识
  - 子代理活动日志（工具调用列表+思考摘要）注入返回结果，Hooks 获得正确 session_id 和 subagent_name
  - LLM 工具调用 ID 回退生成 UUID（llm.rs），ToolCall/ToolResult SSE 事件增加 id/tool_call_id 双字段
  - ToolContext 扩展 session_id/sse_tx/enable_thinking 字段，executor 统一注入而非构造函数传参
  - agent_messages 新增 metadata+raw_json 列，agent_sessions 暴露 summary 字段
  - 删除文件级 transcript 快照（compact.rs），改为依赖 DB 持久化
  - ResearchAgentPanel 重写：TimelineItem 类型替代 StreamStep，支持会话历史回放
  - 新增 AgentMetricsPanel/AskUserQuestionCard/AuditLogViewer 三个前端组件，types.ts 完整类型定义
  - docs/architecture/ 分层重组：概览/核心模块/核心工作流 + agent/ 子目录 11 篇专题文档
  - docs/api.md 补充 RAG/Target/Agent 接口，docs/development.md 新建开发指南
  - .env.example 完全重写，补充 FALLBACK_MODEL 等变量说明

docs/database.md

@@ -53,8 +53,48 @@ erDiagram
         UNIQUE_query_source_limit "唯一去重约束"
     }
 
+    AGENT_SESSIONS {
+        text session_id PK
+        text title
+        text model
+        integer turn_count
+        datetime deleted_at
+    }
+
+    AGENT_TASKS {
+        integer id PK
+        text session_id FK
+        text task_id
+        text content
+        text status
+        text blocked_by "JSON Array — DAG 依赖"
+        text owner "分配目标 agent 名称"
+    }
+
+    AGENT_AUDIT_LOG {
+        integer id PK
+        text session_id FK
+        integer step
+        text tool_name
+        text status "OK / FAIL / SESSION_STOP"
+        integer elapsed_ms
+        text output_preview
+        text agent_name
+    }
+
+    AGENT_TEAM_MEMBERS {
+        integer id PK
+        text session_id FK
+        text agent_name
+        text agent_role
+        text status "spawning / active / idle / shutdown"
+    }
+
     PAPERS ||--o{ NOTES : "has"
     PAPERS ||--o{ CITATIONS_REFERENCES : "cites / cited_by"
+    AGENT_SESSIONS ||--o{ AGENT_TASKS : "owns"
+    AGENT_SESSIONS ||--o{ AGENT_AUDIT_LOG : "records"
+    AGENT_SESSIONS ||--o{ AGENT_TEAM_MEMBERS : "members"
 ```
 
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@@ -87,6 +127,30 @@ erDiagram
 存储用户保存的批量同步检索条件，支持快速重新同步。
 - **唯一约束**：`UNIQUE(query, source, limit_count)` 确保相同条件的检索不会重复保存。
 
+### 2.5 agent_sessions 表 (Agent 会话)
+存储 ReAct 智能体对话会话的元数据，支持软删除 (`deleted_at`)。
+- 每条会话关联 `agent_messages` 表存储对话历史与工具调用记录。
+- **索引**：`idx_agent_sessions_created_at` (ORDER BY updated_at DESC)。
+
+### 2.6 agent_tasks 表 (Agent 任务追踪)
+持久化智能体的结构化待办任务，支持 DAG 依赖模式。
+- `blocked_by`：JSON 数组，前置任务 ID 列表。
+- `status` 生命周期：`pending` → `in_progress` → `completed`。
+- `owner`：分配目标 agent 名称（多 Agent 团队协作路由）。
+- **索引**：`idx_agent_tasks_session`、`idx_agent_tasks_status`、`idx_agent_tasks_session_task` (UNIQUE)。
+
+### 2.7 agent_audit_log 表 (Agent 工具审计)
+记录所有工具调用的审计信息：工具名称、执行状态、耗时 (ms)、输出预览。
+- `status`：`OK` / `FAIL` / `SESSION_STOP`。
+- `agent_name`：区分 lead/子代理/teammate 的调用来源。
+- **用途**：`GET /api/chat/metrics` 聚合指标、会话审计回溯。
+
+### 2.8 agent_team_members 表 (多 Agent 团队)
+管理多智能体团队中每个成员的生命周期。
+- `status`：`spawning` → `active` → `idle` → `shutdown`。
+- `agent_role`：区分 team lead / teammate 等角色。
+- **唯一约束**：`UNIQUE(session_id, agent_name)`。
+
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 ## 3. 数据库迁移说明
@@ -98,6 +162,9 @@ erDiagram
 | `20260608000001_notes.sql` | 添加 `notes` 笔记高亮表，并为关联建立级联删除。 |
 | `20260608000002_add_doctype.sql` | 为 `papers` 表新增 `doctype` 文献类型字段。 |
 | `20260608000003_sync_features.sql` | 添加 `sync_queries` 同步检索条件表，支持唯一去重。 |
+| `20260616000000_agent_tasks.sql` | 智能体任务持久化表，支持 DAG 依赖与状态生命周期。 |
+| `20260617000000_agent_audit_log.sql` | 智能体工具调用审计日志表。 |
+| `20260618000000_agent_identity.sql` | Agent 身份隔离：消息/审计归属、`agent_team_members` 团队注册表。 |
 
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