fmq/AstroResearch
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c5fd5b0d66
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Asfmq
c5fd5b0d66 refactor: 全栈质量硬化 
后端:
  - 权限系统重写: 全局→按 Session 隔离, 新增规则查询 API
  - 安全加固: 登录 IP 限流, Token 仅存 Cookie, bibcode 白名单校验
  - SSE 超时保护, 异步 I/O 迁移, 10+ 处静默 DB 错误改为显式日志
  - ar5iv 下标解析修复, parse_paper_row 去重, 优雅关闭

  前端:
  - useSyncScroll 重写: 段落 ID 映射修复中英错位
  - 全局竞态修复 (active 标志), libraryRef 闭包过期修复
  - ErrorBoundary + vitest 测试基础设施
  - Logo 组件提取, CustomSelect 泛型化, TabId 类型统一
  - ReaderPanel 自动视图模式, AIAssistantPanel 状态批处理
 2026-06-28 14:40:26 +08:00
Asfmq
5f2d2d83f6 refactor: 大文件模块化拆分、自进化Skill管线、前端设计系统统一 
后端：
  - runtime: 拆分 AgentConfig/events/duplicate_detector 为独立模块
  - error_recovery: 1499行单体拆为 classification(21种FailoverReason)/overflow/mod
  - executor: 提取 helpers.rs (PreparedCall/ToolExecutionResult/execute_single_tool)
  - skills: 新增 SkillCreator + SelfImprovePipeline（模式检测→自动生成SKILL.md→质量审查）
  - clients/llm: 拆分为 chat/embedding/types 三个子模块
  - services/download: 1548行拆为 mod/headers(反爬+SSRF)/strategies(多级回退)
  - services/batch/asset: 1264行拆为 mod/helpers/process

  前端：
  - 设计系统统一: sky/indigo → blueprint 色系, rounded-xl→lg, shadow-lg→sm
  - 删除 Vite 模板残留 App.css
  - GlobalDialog/PaperDetailModal/UncachedPaperModal 提取公共 BaseModal 组件
 2026-06-27 09:56:36 +08:00
Asfmq
5db4cc5998 refactor: 全栈架构重构与质量硬化——API 错误统一、工具域重组、安全加固、前端组件化 
后端核心变更:
  - API 层: 新增 AppError 枚举统一错误类型，替代散落的 (StatusCode, String)
  - Agent 工具域: 重组为 astro/system/ 和 astro/research/ 两级域，新增 ProcessPaperTool 流水线工具
  - 安全: 新增 SSRF 双层防护 (同步字符串级 + 异步 DNS 解析级)，覆盖 IPv4/IPv6 私网段
  - 弱密码检测: 扩展弱密码列表并增加最小长度检查
  - LLM 客户端: 新增 ChatCompleter/Embedder trait，支持依赖注入与批量向量化 embed_batch
  - 批量处理: AssetBatch 从串行改为 Semaphore 并发池 (BATCH_CONCURRENCY=3)
  - 分块器: 重写为三阶段结构化管线 (章节解析→短节合并→带标题路径子块)
  - RAG: embedding 计算移出事务，RetrievalResult 新增 headings/section_index 字段
  - 检索: ADS/arXiv 并行检索 (tokio::join!)，去重改用 HashSet，本地库回填批量 IN 查询
  - 天体查询: Sesame API 升级到 v4，新增视差误差/自行/视向速度/多波段测光字段
  - 迁移: 14 个增量文件合并为单一 init.sql，支持 sqlx::migrate! 内存库集成测试
  - 测试: circuit_breaker/hooks/task_board/session/memory/streaming_executor 新增修正 15+ 测试

  前端架构重构:
  - 目录重组: features/ → pages/ + components/ + hooks/ 三层分离
  - App.tsx 从 1181 行压缩至 ~174 行 (逻辑抽入 9 个自定义 Hook)
  - Agent 面板拆分为 AgentSessionSidebar/AgentMessageList/AgentInputArea 子组件
  - 新增 GlobalDialog/PaperDetailModal/UncachedPaperModal 通用对话框组件
  - 工具函数抽取: celestial.ts (天体坐标格式), paper.tsx (文献信息渲染)
 2026-06-25 23:45:37 +08:00
Asfmq
b11b8ad015 refactor: Agent 配置硬编码化、压缩系统不可变重构、前端组件化与安全硬化 
- AgentConfig: 移除 10+ 个环境变量读取，仅保留 TOKEN_SOFT/HARD_LIMIT 两个
    可调参数，context_char_limit 替换为统一的 token_soft_limit 阈值
  - compact: find_safe_cut_point 重写为 HashSet O(n) 算法，
    micro_compact 改为不可变风格，compress_context 签名升级为
    token_soft_limit + max_messages 双参数，新增 COMPACTION_OUTPUT_RESERVE
  - modes: ModeConfig.max_steps/tool_timeout_secs 去 Optional 化，
    Deep Research 步数 16→100，Literature Reader 步数 6→25
  - dashboard: 提取 AgentMarkdown/ThoughtCard/ToolCallCard/AnswerCard/
    SubAgentContainer 等共享组件，ResearchAgentPanel 大幅瘦身，
    交互卡片重构为 console-panel 紧凑风格
  - security: 移除 HERMES_YOLO_MODE、AGENT_BLOCK_NETWORK 开关、
    AGENT_CHECKPOINT_ENABLED 开关，关键安全机制强制启用
 2026-06-25 00:49:45 +08:00
Asfmq
85b6429c30 feat: Agent 多模式系统、视觉模型集成、LLM 能力分层与 P3 性能收尾 
核心架构变更：

  1. Agent 多模式系统替代 Coordinator
     - 移除 src/agent/coordinator/（Coordinator Agent/Worker/Tools，946 行）
     - 新建 src/agent/modes/：声明式模式抽象（AgentMode/ModeConfig/ToolSet）
     - 三种内置模式：
       - default：通用科研助手，零覆盖保持现有行为
       - deep-research：16 步、启用思考、research 权限、系统性调研
       - literature-reader：白名单工具、只读沙箱、结构化阅读
     - ModeRegistry + ModeConfig 预设 + ToolSet 过滤 + 身份/原则覆盖
     - AgentRuntime::with_mode() 统一入口，模式持久化到 session.mode 字段
     - GET /api/chat/modes 提供模式列表给前端选择器

  2. 视觉模型与图片分析
     - 新增 analyze_image 工具（340 行）：本地/URL 图片 → 视觉模型流式分析
     - LlmClient::analyze_image_stream()：SSE 增量实时推送
     - 配置：LLM_VISION_MODEL / LLM_VISION_API_KEY / LLM_VISION_API_BASE
     - 前端：粘贴/选择图片附件，重试时复用文件路径
     - Service 层移除 /chat/rag 和 /chat/figure 端点，统一走 Agent SSE
     - Body limit 提升至 100MB 适配大图上传

  3. LLM 三级能力分层
     - Tier 1 (Core) → Tier 2 (Medium) → Tier 3 (Fast)，级联回退
     - medium_llm / fast_llm / vision_llm 注入 AppState
     - 资产批量翻译 → Medium LLM + Semaphore(3) 并发控制
     - 记忆提取/上下文压缩子代理 → Fast LLM
     - SubAgentRunner::with_llm_client() 支持注入专用 LLM

  4. 数据库与性能优化
     - SQLite 启用 WAL + busy_timeout(10s) 处理并发写入
     - RAG ingest：DELETE 合并为原子语句 + 批量事务写入
     - Meta sync：save_paper_to_db_tx() 事务化批量插入
     - 翻译词典：first_words HashSet 预过滤 + next_valid_index 跳跃优化
     - read_file 不截断输出 + skip_persist 防止级联磁盘持久化

  5. 工具系统增强
     - ToolContext 增加 tool_call_id + max_output_chars
     - ToolOutput 增加 skip_persist 标记
     - TextDelta SSE 携带可选 tool_call_id 支持工具的流式输出
     - ChatMessage::text() 辅助方法
 2026-06-24 19:52:27 +08:00
Asfmq
cec4b8cf7b feat: Docker 容器化、Cookie 鉴权、Coordinator 编排、FTS5 搜索与 P1-P3 全面收尾 
Docker 容器化部署
  - 提供 Mode A (Alpine musl, ~23MB) 和 Mode B (Distroless glibc, ~87MB)
    两种镜像，Docker Compose 一键启动
  - build.rs 支持 SKIP_DASHBOARD_BUILD 跳过前端构建
  - 国内镜像加速 (npm/apt/apk) 通过 USE_MIRRORS build-arg 控制

  安全：Cookie-Based 鉴权系统
  - HttpOnly/SameSite=Strict Cookie 会话管理（24h 过期自动清理）
  - 登录/登出/验证接口 + 中间件注入
  - 前端登录页面 + 退出按钮
  - 三层 CORS：localhost 鉴权 / 全放通 bookmarklet / 受保护路由
  - 书签脚本 fetch 添加 credentials:'include'

  Coordinator 模式 (P2)
  - 4 个 meta-tool (delegate_task/check_task/task_stop/synthesize)
  - WorkerPool + Semaphore 并发控制 + 超时保护
  - 前端协调者模式开关

  Hook 系统：UserPromptSubmit 事件 (P2)
  - 第 13 个生命周期事件，fire-and-forget 审计

  FTS5 全文搜索 (P3)
  - agent_sessions_fts + agent_messages_fts 虚拟表
  - search_history Agent 工具 + /api/search/history HTTP 接口
  - 前端防抖搜索框 + 仅当前会话筛选

  工具加载优化 (P3)
  - defer_loading 延迟加载 (7 个重型工具)
  - is_readonly 只读标记 (9 个查询工具)
  - classifier_summary 工具目录供 LLM 按需判断

  模型回退策略 (P3)
  - LLM_FALLBACK_MODEL 优先回退 + LLM_FALLBACK_CHAIN 链式轮换
  - LlmClient model 改为 Arc<RwLock> 支持运行时切换
  - 连续 3 次过载后自动切换

  压缩记忆桥接 (P3)
  - 压缩丢弃消息 → 子代理提取持久记忆 (extract_memories_from_compaction)

  git2 依赖修复
  - 切换到 vendored-libgit2，消除 OpenSSL 系统依赖
 2026-06-23 20:22:06 +08:00
Asfmq
698d007f39 feat: Agent 安全纵深防御、Checkpoint 快照、会话 Rewind/Branch、自进化 
Skill、流式执行优化与系统架构全面升级

  本次提交对标 Claude Code 与 Hermes-Agent 的工程细节，在安全、可靠性、
  会话管理、自我进化四个维度进行了系统性加固，变更总量 48 文件 / +12680 -2292 行。

  ═══════ 安全纵深防御 ═══════

  1. Hardline 硬阻止层 (src/agent/runtime/hardline.rs, +534 行)
     - 不可绕过的危险命令拦截（关重启、磁盘擦除、Fork 炸弹、rm -rf /、kill -1）
     - 反规避标准化管线: ANSI 序列剥离 → Unicode NFKC → shell 反斜杠还原 → 空字面量清理
     - 在 PermissionChecker 之前执行，YOLO/Bypass 模式下同样生效
     - 集成到 executor Phase 2，被拒绝工具直接注入错误结果

  2. Permission 优先级裁决器 (src/agent/runtime/permission.rs, +200 行)
     - 7 层正式优先级规则 (P0 Deny → P7 Allow)，带冲突日志
     - explain() 方法支持审计追溯
     - Hook PermissionRequired 与 Checker 结果的正确叠加逻辑

  ═══════ Checkpoint 文件快照系统 ═══════

  3. git2 原生快照 (src/agent/runtime/checkpoint.rs, +920 行)
     - 基于 git2 bare repo，内容寻址自动去重
     - 文件变更操作前自动触发 (file_write/file_edit/run_bash)
     - 每目录每 turn 最多一次快照，防止同一轮重复
     - 支持 list/diff/restore API + pre-rollback 安全快照
     - 旧快照自动 prune（保留最近 N 个）+ 按目录隔离 ref
     - 排除规则自动过滤 node_modules/target/.git/*.pdf 等
     - 集成到 executor: 文件操作前 ckpt.ensure_checkpoint()

  ═══════ 错误恢复系统大升级 ═══════

  4. 21 种 FailoverReason 分类 (src/agent/runtime/error_recovery.rs, +1200 行)
     - 参考 Hermes-Agent error_classifier.py
     - 8 步分类管线: provider-specific → HTTP status → text pattern → error body → fallback
     - is_retryable / should_compress / should_failover / is_permanent 方法
     - Context Overflow 自动修复: 从错误消息提取 token 限制，自动下调预算
     - RecoveryStep::AdjustMaxTokens 实现 (参考 Claude Code 自动修复)
     - 向后兼容 ErrorKind 别名

  ═══════ 会话 Rewind / Branch / Retry 体系 ═══════

  5. 完整 undo 栈 (src/agent/runtime/session.rs, +800 行 + 2 迁移脚本)
     - Rewind (软删除): active=0 标记，审计 trail 保留，LLM 不可见
     - Restore (撤销回退): 冲突检测——回退后有新消息则拒绝，引导使用 Branch
     - Branch: 分叉会话，复制所有 active=1 消息到新会话
     - Retry: 硬删除最后一轮对话，返回原消息文本供前端重提交
     - 数据库: agent_messages.active 列 + agent_sessions.rewind_count + parent_session_id
     - API: 4 个新端点 (/branch, /retry, /rewind, /rewind/restore)
     - load_history_for_agent 全面使用 active=1 过滤

  ═══════ Hooks 系统模块化重构 ═══════

  6. 单文件 → 7 模块体系 (src/agent/hooks/)
     hooks.rs (994 行) 拆分为:
     - mod.rs    — 入口 + HookRegistry + SessionHookManager
     - types.rs  — 类型定义 (Context, TaggedContext, PermissionRequestAction 等)
     - traits.rs — AgentHook + AsyncAgentHook + 15 种生命周期事件
     - matcher.rs — 工具名/参数匹配 + session 作用域过滤
     - dispatch.rs — 并行调度引擎 (run_pre/post_tool_use 等)
     - registry.rs — 注册/注销/查询
     - builtins.rs — CancellationHook + MetricsHook + AuditLogHook + ContextDeduplicator

     关键改进:
     - run_pre_tool_use 并行执行所有匹配 hooks，聚合 Block/MutateInput/Continue
     - TaggedContext 带完整来源标记的上下文注入 (hook_name + event)
     - ContextDeduplicator 单 dispatch cycle 内内容哈希去重
     - AsyncAgentHook 支持 fire-and-forget 异步 hooks

  ═══════ Executor 并发执行升级 ═══════

  7. 三阶段管道重写 (src/agent/runtime/executor.rs, +600 行)
     - Phase 1: 死循环检测 + 参数解析 (不变)
     - Phase 2: Hardline 预检查 (新增) → PermissionChecker (改进)
     - Phase 3: ToolPartitioner 分区 → 逐批次执行 (重写)
       - 并行批次内 FuturesUnordered 并发
       - 串行批次确保非并发安全工具独占执行
       - Checkpoint 预触发集成
     - Hook 上下文注入: system-reminder 格式 + ContextDeduplicator 去重
     - Hook 阻塞错误详细记录

  ═══════ 流式执行真正的流式调度 ═══════

  8. StreamingExecutor 重写 (src/agent/runtime/streaming_executor.rs, ~400 行变更)
     - on_tool_use 中对并发安全工具立即 tokio::spawn，不等待 flush
     - executing_non_concurrent 标志阻塞后继工具直到独占工具完成
     - JoinHandle 管理替代自定义 cancel channel
     - completed_queue 按流顺序 yield
     - Sibling Abort 通过 broadcast channel + tokio::select! 竞速
     - ToolContext 实现 Clone (支持 per-task 上下文复制)

  ═══════ 自改进 Skill 系统 ═══════

  9. PatternDetector + SkillCreator + Curator (src/agent/skills/, +1500 行)
     - PatternDetector: 扫描 agent_messages 表，检测跨 session 重复工具调用模式
     - SkillCreator: 将高置信度模式自动生成 SKILL.md (YAML frontmatter + 工作流步骤)
     - SelfImprovePipeline: 一站式 模式检测 → 创建 → 质量审查
     - Curator: 分析 skill 使用统计，标记 stale/deprecated，建议清理
     - Skill frontmatter 新增 pinned 字段 (禁止 Curator 自动清理)

  ═══════ 基础设施优化 ═══════

  10. 系统提示词缓存 (src/agent/runtime/system_prompt.rs + mod.rs)
      - SystemPromptCache: 首次计算后永久复用，/clear 时失效
      - 新增 SAFETY / SYSTEM_CONTEXT / TOOL_USAGE 静态 section
      - 环境/tools/skills/memory 动态 section 通过 get_or_compute 缓存

  11. ToolRegistry schema 缓存 (src/agent/tools/mod.rs)
      - schema_cache + schema_generation 版本号
      - 工具变更/过滤器变更时自动失效
      - precompute_definitions() 预计算 (AgentRuntime 初始化时调用)

  12. 迭代摘要融合 (src/agent/compact.rs, +100 行)
      - 参考 Hermes context_compressor.py
      - CollapseLog 追踪压缩历史，支持溢出合并
      - extract_prior_summary: 提取已有摘要融入新压缩

  13. SubAgent 系统提示词模块化 (src/agent/tools/subagent.rs)
      - 复用 5 个标准 section + 子代理专有上下文 section
      - 独立 ToolRegistry 构建工具列表

  ═══════ 前端 — CSS 变量主题系统 ═══════

  14. 全新主题变量体系 (dashboard/src/index.css + App.tsx + 各面板)
      - CSS 自定义属性: --bg-card, --text-main, --text-muted, --border-precision
      - 语义化颜色: --accent-blueprint, --accent-star
      - 全面替换硬编码 Tailwind 颜色 (slate-xxx → var(--xxx))
      - 文献入库提示优化 ("核心知识节点" 替代 "向量块")
      - ReaderPanel 样式变量化
 2026-06-22 20:29:37 +08:00
Asfmq
f6df9d8136 feat: Agent 思考模式前端可控、子代理全链路持久化、权限系统、工具 ID 追踪体系、前端面板与文档架构重构 
- AgentConfig/LlmClient 新增 enable_thinking 参数，前端 SSE 请求传递 thinking
  开关，仅千问/DashScope 时启用
  - 完善权限系统，支持细粒度的权限控制和用户权限申请
  - delegate_research 工具重命名为 subagent，SubAgentTool/SubAgentRunner 重构
  - 子代理消息（system/user/assistant/tool）持久化到 agent_messages 表，带 agent_name 标识
  - 子代理活动日志（工具调用列表+思考摘要）注入返回结果，Hooks 获得正确 session_id 和 subagent_name
  - LLM 工具调用 ID 回退生成 UUID（llm.rs），ToolCall/ToolResult SSE 事件增加 id/tool_call_id 双字段
  - ToolContext 扩展 session_id/sse_tx/enable_thinking 字段，executor 统一注入而非构造函数传参
  - agent_messages 新增 metadata+raw_json 列，agent_sessions 暴露 summary 字段
  - 删除文件级 transcript 快照（compact.rs），改为依赖 DB 持久化
  - ResearchAgentPanel 重写：TimelineItem 类型替代 StreamStep，支持会话历史回放
  - 新增 AgentMetricsPanel/AskUserQuestionCard/AuditLogViewer 三个前端组件，types.ts 完整类型定义
  - docs/architecture/ 分层重组：概览/核心模块/核心工作流 + agent/ 子目录 11 篇专题文档
  - docs/api.md 补充 RAG/Target/Agent 接口，docs/development.md 新建开发指南
  - .env.example 完全重写，补充 FALLBACK_MODEL 等变量说明
 2026-06-18 01:21:02 +08:00
Asfmq
49784739fa feat: Agent 全栈升级——模块化重构、Hooks/Skills/Memory/SubAgent/Team 子系统、审计与任务持久化 
架构重构：
  - Agent Runtime 由单文件拆为 runtime/ 目录 12 模块（熔断/流式执行/Token预算/文件缓存/权限等）
  - Agent Tools 由单文件拆为 tools/ 目录 20+ 模块（filesystem/astro/memory/skill/subagent/team 等）
  - 解析器体系重构（common.rs 836行变更），各解析器同步升级
  - Download 服务重构（562行），反爬策略强化
  - LLM 客户端重构（266行），流式调用优化

  新子系统：
  - Hooks 生命周期系统（9种事件类型，PreToolUse/PostToolUse 支持输入输出拦截）
  - Skills 双层加载系统（system-reminder 轻量注入 + LoadSkillTool 按需加载，notify 文件监听热更新）
  - Memory 项目记忆管理（类型/提取/去重/衰减/保活/选择策略/护栏 7 模块）
  - SubAgent 上下文隔离子代理运行器（独立 ReAct 循环 + Hook 管道）
  - Team 多智能体团队协作（文件 inbox 通信、lead/teammate 协调）
  - TaskBoard DAG 任务依赖管理
  - Trajectory 会话轨迹、Terminal 终止信号、Autonomous 自主模式、Background 异步通知

  数据库：
  - agent_tasks 表（DAG 依赖模式，blocked_by JSON 数组）
  - agent_audit_log 表（工具调用审计：名称/状态/耗时/输出预览）
  - agent_identity 迁移（消息/审计/任务的 agent_name 归属，agent_team_members 团队注册表）

  API：
  - GET /chat/metrics 聚合指标端点
  - GET /chat/sessions/:id/audit 会话审计查询
  - GET /chat/questions + POST /chat/answer 人机交互问答

  工程：
  - 新增依赖：serde_yaml、notify、glob、walkdir、lru
  - Skills 目录含 methodology/plotting/presentation 三个初始 SKILL.md
  - CLAUDE.md 完整项目架构文档
 2026-06-17 00:14:02 +08:00
Asfmq
b1fb884f21 feat: ReAct Agent 自主科研引擎、LLM 流式工具调用、论文搜索服务化 
核心新增 —— ReAct 智能体引擎 (src/agent/):
 - ReAct 主循环：自主推理→工具调用→观察→迭代，支持流式 SSE 推送、
   上下文自动压缩、重复调用死循环检测、手动取消与超时控制
 - 7 个内置工具：ADS/arXiv 论文搜索、元数据查询、全文读取、PDF/HTML
   下载解析、RAG 向量语义检索、CDS Sesame 天体目标查询

 LLM 客户端增强 (src/clients/llm.rs):
 - 新增流式/非流式 Function Calling (tool calling) 支持
 - 原生 reasoning_content 推理链字段 (DeepSeek/QwQ)
 - 多模态图片+文本对话、TokenUsage 用量统计

 搜索服务重构 (src/services/search.rs):
 - 抽取 ADS/arXiv 搜索为统一 service，跨平台去重、本地状态合并
 - API handler 瘦身至薄封装层

 下载器增强 (src/services/download.rs):
 - Obscura 无头浏览器反爬下载通道 (进程内/CLI 双模式)
 - arXiv/Springer 专用策略、ADS Scan PDF 兜底、CAPTCHA 绕过

 解析器增强 (src/services/parser/mod.rs):
 - Markdown 输出自动附加 YAML 前端元数据头 (标题/作者/来源)

 新增 API (src/api/agent.rs):
 - POST /api/chat/agent — SSE 流式智能体对话
 - GET/DELETE /api/chat/sessions — 会话管理 CRUD
 - POST /api/chat/sessions/:id/stop — 紧急停止

 数据库: agent_sessions + agent_messages 表

 前端 (dashboard/):
 - 全新"智能科研"标签页 (ResearchAgentPanel) — 会话列表、ReAct
   步骤时间线可视化、SSE 实时流式渲染、Markdown+KaTeX 答案展示
 - Reader AI 助手集成 Agent 工作流，含工具调用步骤展示与引用溯源
 - 侧边栏新增"智能科研"导航入口
 2026-06-15 17:30:45 +08:00