feat: F2R 重构全部完成 + 自动化脚本改进

Phase 1 翻译 (完成):
- TLUSTY 350 函数 100% 翻译
- SYNSPEC 168 函数 100% 翻译
- ~495 Rust 模块

Phase 2 集成 (完成):
- TLUSTY RESOLV 7 个 TODO 全部清除
- TLUSTY Runner IJALI 频率选择实现
- OPFRAC ioniz.dat 解析完整实现
- SYNSPEC Runner 编排流程连接完成
- SYNSPEC RESOLV OPAC→RTE→OUTPRI 调用链完整

Phase 3 验证 (完成, 修复 8 处 bug):
- INITIA: compute_hydrogen_level_bounds 索引混合修复
- INILIN: GAMR0/GS0/GW0 展宽公式修复, 经典 VdW 公式修复
- INIBL0: CNM 常数 2.997925e18→e17 修复
- OPAC: Lyman IJ=2 修正缺失修复
- RTE: minv3 矩阵求逆符号错误修复

自动化脚本改进:
- specf2r.sh: 添加 429 限流退避、完成检测、同步等待
- SKILL.md: 三阶段工作流 + 状态文件系统
- references/: Phase 1/2/3 独立参考文档

新增:
- src/bin/synspec.rs: SYNSPEC 可执行文件入口
- .f2r_phase/.f2r_tasks/.f2r_complete: 状态管理文件

编译: 0 错误 | Clippy: 0 错误 | 测试: voigt 28 + eldens 5 通过

Co-Authored-By: Claude Opus 4.8 <noreply@anthropic.com>

scripts/specf2r.sh

@@ -1,65 +1,99 @@
 #!/bin/bash
 
 # --- 配置变量 ---
-WORK_DIR="/home/fmq/program/SpectraRust"
-CMD_PATH="/home/fmq/.claude/local/claude"
-CMD_ARGS="--permission-mode bypassPermissions --print '/codegraph-guide 继续执行重构任务。禁止询问，禁止总结报告，禁止跳过复杂模块。'"
+WORK_DIR="/home/dckj/SpectraRust"
+CMD_PATH="/usr/bin/claude"
+CMD_PROMPT="使用 codegraph-guide skill 继续执行重构任务。"
 
-# 日志文件路径：修改为工作目录内部
+# 状态文件
+PHASE_FILE="${WORK_DIR}/.f2r_phase"
+COMPLETE_FILE="${WORK_DIR}/.f2r_complete"
+RATE_LIMIT_FILE="${WORK_DIR}/.f2r_rate_limit"
+TASKS_FILE="${WORK_DIR}/.f2r_tasks"
+
+# 日志文件路径
 LOG_FILE="${WORK_DIR}/logs/claude_$(date +%Y%m%d_%H%M%S).log"
 
 # --- 1. 环境检查 ---
-# 检查工作目录是否存在
 if [ ! -d "$WORK_DIR" ]; then
     echo "❌ 错误: 工作目录不存在: $WORK_DIR"
     exit 1
 fi
 
-# 检查命令文件是否存在且可执行
 if [ ! -x "$CMD_PATH" ]; then
     echo "❌ 错误: 命令不存在或不可执行: $CMD_PATH"
     exit 1
 fi
 
-# --- 新增：检查是否已有 claude 进程在运行 ---
-echo "正在检查是否有 claude 进程在运行..."
-# 使用 ps aux 列出所有进程，然后 grep 查找 'claude'，再用 grep -v grep 排除掉 grep 命令本身
-if ps aux | grep '[c]laude' > /dev/null; then
-    echo "⚠️  检测到 claude 进程已在运行，退出脚本。"
-    # 可选：显示正在运行的进程信息
-    ps aux | grep '[c]laude'
+# --- 2. 完成检测 ---
+if [ -f "$COMPLETE_FILE" ]; then
+    echo "✅ 重构已标记为完成 ($(cat "$COMPLETE_FILE"))，跳过。"
+    echo "如需重新启动，请删除 ${COMPLETE_FILE}"
+    exit 0
+fi
+
+# --- 3. 429 限流退避 ---
+if [ -f "$RATE_LIMIT_FILE" ]; then
+    LIMIT_UNTIL=$(cat "$RATE_LIMIT_FILE" 2>/dev/null)
+    if [ -n "$LIMIT_UNTIL" ]; then
+        # 将 "2026-06-08 09:10:18" 格式转换为 epoch
+        RESET_EPOCH=$(date -d "$LIMIT_UNTIL" +%s 2>/dev/null)
+        NOW_EPOCH=$(date +%s)
+        if [ -n "$RESET_EPOCH" ] && [ "$NOW_EPOCH" -lt "$RESET_EPOCH" ]; then
+            REMAINING=$(( (RESET_EPOCH - NOW_EPOCH) / 60 ))
+            echo "⏳ API 限流中，还需等待 ${REMAINING} 分钟（重置于 ${LIMIT_UNTIL}），跳过。"
+            exit 0
+        else
+            # 已过重置时间，清除标记
+            rm -f "$RATE_LIMIT_FILE"
+            echo "🔓 限流已重置，继续执行。"
+        fi
+    fi
+fi
+
+# --- 4. 检查并发进程 ---
+RUNNING_PIDS=$(pgrep -f "claude.*--print" 2>/dev/null)
+if [ -n "$RUNNING_PIDS" ]; then
+    echo "⚠️  检测到已有调度任务在运行 (PID: $RUNNING_PIDS)，退出脚本。"
     exit 1
 fi
 
-# --- 2. 启动进程 ---
-# 切换到工作目录
+# --- 5. 启动进程 ---
 cd "$WORK_DIR" || exit 1
 
-# 执行命令
-# nohup 保证退出终端后进程不挂
-# < /dev/null 防止进程读取终端输入导致挂起
-# > "$LOG_FILE" 2>&1 将标准输出和错误输出都重定向到日志文件
-nohup "$CMD_PATH" $CMD_ARGS < /dev/null > "$LOG_FILE" 2>&1 &
+nohup "$CMD_PATH" --permission-mode bypassPermissions --print "$CMD_PROMPT" \
+    < /dev/null > "$LOG_FILE" 2>&1 &
 CURRENT_PID=$!
 
-# --- 3. 验证启动结果 ---
-# 短暂休眠，给进程一点初始化时间，以便捕获即时崩溃（如缺少动态库）
-sleep 0.5
+# --- 6. 等待完成并分析结果 ---
+# --print 模式是同步的，wait 等它结束
+wait "$CURRENT_PID" 2>/dev/null
+EXIT_CODE=$?
 
-# 检查进程是否仍然存活
-if kill -0 "$CURRENT_PID" 2>/dev/null; then
-    echo "启动成功!"
-    echo "PID: $CURRENT_PID"
-    echo "日志路径: $LOG_FILE"
-    exit 0
-else
-    echo "❌ 启动失败! 进程已意外退出。"
-    echo "--- 错误日志预览 ---"
-    # 如果日志文件存在，打印其内容
-    if [ -f "$LOG_FILE" ]; then
-        cat "$LOG_FILE"
-    else
-        echo "(无日志文件生成)"
+# --- 7. 后处理：检测 429 和完成标记 ---
+if [ -f "$LOG_FILE" ]; then
+    # 检测 429 限流
+    if grep -q "429" "$LOG_FILE" 2>/dev/null; then
+        # 提取重置时间（格式：已达到 5 小时的使用上限。您的限额将在 2026-06-08 09:10:18 重置）
+        RESET_TIME=$(grep -oP '限额将在 \K[\d-]+ [\d:]+' "$LOG_FILE" 2>/dev/null | head -1)
+        if [ -n "$RESET_TIME" ]; then
+            echo "$RESET_TIME" > "$RATE_LIMIT_FILE"
+            echo "🔴 检测到 429 限流，重置时间: ${RESET_TIME}，已记录到 ${RATE_LIMIT_FILE}"
+        fi
     fi
-    exit 1
+
+    # 检测模型不存在错误
+    if grep -q "模型不存在" "$LOG_FILE" 2>/dev/null; then
+        echo "❌ 模型不存在错误，暂停 30 分钟。"
+        echo "$(date -d '+30 minutes' '+%Y-%m-%d %H:%M:%S')" > "$RATE_LIMIT_FILE"
+    fi
+
+    # 统计日志大小用于诊断
+    LOG_SIZE=$(wc -c < "$LOG_FILE")
+    echo "✅ 会话完成 | PID: $CURRENT_PID | 退出码: $EXIT_CODE | 日志: ${LOG_SIZE} 字节"
+    echo "   日志路径: $LOG_FILE"
+else
+    echo "❌ 无日志文件生成"
 fi
+
+exit 0