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cec4b8cf7b feat: Docker 容器化、Cookie 鉴权、Coordinator 编排、FTS5 搜索与 P1-P3 全面收尾
Docker 容器化部署
  - 提供 Mode A (Alpine musl, ~23MB) 和 Mode B (Distroless glibc, ~87MB)
    两种镜像,Docker Compose 一键启动
  - build.rs 支持 SKIP_DASHBOARD_BUILD 跳过前端构建
  - 国内镜像加速 (npm/apt/apk) 通过 USE_MIRRORS build-arg 控制

  安全:Cookie-Based 鉴权系统
  - HttpOnly/SameSite=Strict Cookie 会话管理(24h 过期自动清理)
  - 登录/登出/验证接口 + 中间件注入
  - 前端登录页面 + 退出按钮
  - 三层 CORS:localhost 鉴权 / 全放通 bookmarklet / 受保护路由
  - 书签脚本 fetch 添加 credentials:'include'

  Coordinator 模式 (P2)
  - 4 个 meta-tool (delegate_task/check_task/task_stop/synthesize)
  - WorkerPool + Semaphore 并发控制 + 超时保护
  - 前端协调者模式开关

  Hook 系统:UserPromptSubmit 事件 (P2)
  - 第 13 个生命周期事件,fire-and-forget 审计

  FTS5 全文搜索 (P3)
  - agent_sessions_fts + agent_messages_fts 虚拟表
  - search_history Agent 工具 + /api/search/history HTTP 接口
  - 前端防抖搜索框 + 仅当前会话筛选

  工具加载优化 (P3)
  - defer_loading 延迟加载 (7 个重型工具)
  - is_readonly 只读标记 (9 个查询工具)
  - classifier_summary 工具目录供 LLM 按需判断

  模型回退策略 (P3)
  - LLM_FALLBACK_MODEL 优先回退 + LLM_FALLBACK_CHAIN 链式轮换
  - LlmClient model 改为 Arc<RwLock> 支持运行时切换
  - 连续 3 次过载后自动切换

  压缩记忆桥接 (P3)
  - 压缩丢弃消息 → 子代理提取持久记忆 (extract_memories_from_compaction)

  git2 依赖修复
  - 切换到 vendored-libgit2,消除 OpenSSL 系统依赖
2026-06-23 20:22:06 +08:00
698d007f39 feat: Agent 安全纵深防御、Checkpoint 快照、会话 Rewind/Branch、自进化
Skill、流式执行优化与系统架构全面升级

  本次提交对标 Claude Code 与 Hermes-Agent 的工程细节,在安全、可靠性、
  会话管理、自我进化四个维度进行了系统性加固,变更总量 48 文件 / +12680 -2292 行。

  ═══════ 安全纵深防御 ═══════

  1. Hardline 硬阻止层 (src/agent/runtime/hardline.rs, +534 行)
     - 不可绕过的危险命令拦截(关重启、磁盘擦除、Fork 炸弹、rm -rf /、kill -1)
     - 反规避标准化管线: ANSI 序列剥离 → Unicode NFKC → shell 反斜杠还原 → 空字面量清理
     - 在 PermissionChecker 之前执行,YOLO/Bypass 模式下同样生效
     - 集成到 executor Phase 2,被拒绝工具直接注入错误结果

  2. Permission 优先级裁决器 (src/agent/runtime/permission.rs, +200 行)
     - 7 层正式优先级规则 (P0 Deny → P7 Allow),带冲突日志
     - explain() 方法支持审计追溯
     - Hook PermissionRequired 与 Checker 结果的正确叠加逻辑

  ═══════ Checkpoint 文件快照系统 ═══════

  3. git2 原生快照 (src/agent/runtime/checkpoint.rs, +920 行)
     - 基于 git2 bare repo,内容寻址自动去重
     - 文件变更操作前自动触发 (file_write/file_edit/run_bash)
     - 每目录每 turn 最多一次快照,防止同一轮重复
     - 支持 list/diff/restore API + pre-rollback 安全快照
     - 旧快照自动 prune(保留最近 N 个)+ 按目录隔离 ref
     - 排除规则自动过滤 node_modules/target/.git/*.pdf 等
     - 集成到 executor: 文件操作前 ckpt.ensure_checkpoint()

  ═══════ 错误恢复系统大升级 ═══════

  4. 21 种 FailoverReason 分类 (src/agent/runtime/error_recovery.rs, +1200 行)
     - 参考 Hermes-Agent error_classifier.py
     - 8 步分类管线: provider-specific → HTTP status → text pattern → error body → fallback
     - is_retryable / should_compress / should_failover / is_permanent 方法
     - Context Overflow 自动修复: 从错误消息提取 token 限制,自动下调预算
     - RecoveryStep::AdjustMaxTokens 实现 (参考 Claude Code 自动修复)
     - 向后兼容 ErrorKind 别名

  ═══════ 会话 Rewind / Branch / Retry 体系 ═══════

  5. 完整 undo 栈 (src/agent/runtime/session.rs, +800 行 + 2 迁移脚本)
     - Rewind (软删除): active=0 标记,审计 trail 保留,LLM 不可见
     - Restore (撤销回退): 冲突检测——回退后有新消息则拒绝,引导使用 Branch
     - Branch: 分叉会话,复制所有 active=1 消息到新会话
     - Retry: 硬删除最后一轮对话,返回原消息文本供前端重提交
     - 数据库: agent_messages.active 列 + agent_sessions.rewind_count + parent_session_id
     - API: 4 个新端点 (/branch, /retry, /rewind, /rewind/restore)
     - load_history_for_agent 全面使用 active=1 过滤

  ═══════ Hooks 系统模块化重构 ═══════

  6. 单文件 → 7 模块体系 (src/agent/hooks/)
     hooks.rs (994 行) 拆分为:
     - mod.rs    — 入口 + HookRegistry + SessionHookManager
     - types.rs  — 类型定义 (Context, TaggedContext, PermissionRequestAction 等)
     - traits.rs — AgentHook + AsyncAgentHook + 15 种生命周期事件
     - matcher.rs — 工具名/参数匹配 + session 作用域过滤
     - dispatch.rs — 并行调度引擎 (run_pre/post_tool_use 等)
     - registry.rs — 注册/注销/查询
     - builtins.rs — CancellationHook + MetricsHook + AuditLogHook + ContextDeduplicator

     关键改进:
     - run_pre_tool_use 并行执行所有匹配 hooks,聚合 Block/MutateInput/Continue
     - TaggedContext 带完整来源标记的上下文注入 (hook_name + event)
     - ContextDeduplicator 单 dispatch cycle 内内容哈希去重
     - AsyncAgentHook 支持 fire-and-forget 异步 hooks

  ═══════ Executor 并发执行升级 ═══════

  7. 三阶段管道重写 (src/agent/runtime/executor.rs, +600 行)
     - Phase 1: 死循环检测 + 参数解析 (不变)
     - Phase 2: Hardline 预检查 (新增) → PermissionChecker (改进)
     - Phase 3: ToolPartitioner 分区 → 逐批次执行 (重写)
       - 并行批次内 FuturesUnordered 并发
       - 串行批次确保非并发安全工具独占执行
       - Checkpoint 预触发集成
     - Hook 上下文注入: system-reminder 格式 + ContextDeduplicator 去重
     - Hook 阻塞错误详细记录

  ═══════ 流式执行真正的流式调度 ═══════

  8. StreamingExecutor 重写 (src/agent/runtime/streaming_executor.rs, ~400 行变更)
     - on_tool_use 中对并发安全工具立即 tokio::spawn,不等待 flush
     - executing_non_concurrent 标志阻塞后继工具直到独占工具完成
     - JoinHandle 管理替代自定义 cancel channel
     - completed_queue 按流顺序 yield
     - Sibling Abort 通过 broadcast channel + tokio::select! 竞速
     - ToolContext 实现 Clone (支持 per-task 上下文复制)

  ═══════ 自改进 Skill 系统 ═══════

  9. PatternDetector + SkillCreator + Curator (src/agent/skills/, +1500 行)
     - PatternDetector: 扫描 agent_messages 表,检测跨 session 重复工具调用模式
     - SkillCreator: 将高置信度模式自动生成 SKILL.md (YAML frontmatter + 工作流步骤)
     - SelfImprovePipeline: 一站式 模式检测 → 创建 → 质量审查
     - Curator: 分析 skill 使用统计,标记 stale/deprecated,建议清理
     - Skill frontmatter 新增 pinned 字段 (禁止 Curator 自动清理)

  ═══════ 基础设施优化 ═══════

  10. 系统提示词缓存 (src/agent/runtime/system_prompt.rs + mod.rs)
      - SystemPromptCache: 首次计算后永久复用,/clear 时失效
      - 新增 SAFETY / SYSTEM_CONTEXT / TOOL_USAGE 静态 section
      - 环境/tools/skills/memory 动态 section 通过 get_or_compute 缓存

  11. ToolRegistry schema 缓存 (src/agent/tools/mod.rs)
      - schema_cache + schema_generation 版本号
      - 工具变更/过滤器变更时自动失效
      - precompute_definitions() 预计算 (AgentRuntime 初始化时调用)

  12. 迭代摘要融合 (src/agent/compact.rs, +100 行)
      - 参考 Hermes context_compressor.py
      - CollapseLog 追踪压缩历史,支持溢出合并
      - extract_prior_summary: 提取已有摘要融入新压缩

  13. SubAgent 系统提示词模块化 (src/agent/tools/subagent.rs)
      - 复用 5 个标准 section + 子代理专有上下文 section
      - 独立 ToolRegistry 构建工具列表

  ═══════ 前端 — CSS 变量主题系统 ═══════

  14. 全新主题变量体系 (dashboard/src/index.css + App.tsx + 各面板)
      - CSS 自定义属性: --bg-card, --text-main, --text-muted, --border-precision
      - 语义化颜色: --accent-blueprint, --accent-star
      - 全面替换硬编码 Tailwind 颜色 (slate-xxx → var(--xxx))
      - 文献入库提示优化 ("核心知识节点" 替代 "向量块")
      - ReaderPanel 样式变量化
2026-06-22 20:29:37 +08:00
49784739fa feat: Agent 全栈升级——模块化重构、Hooks/Skills/Memory/SubAgent/Team 子系统、审计与任务持久化
架构重构:
  - Agent Runtime 由单文件拆为 runtime/ 目录 12 模块(熔断/流式执行/Token预算/文件缓存/权限等)
  - Agent Tools 由单文件拆为 tools/ 目录 20+ 模块(filesystem/astro/memory/skill/subagent/team 等)
  - 解析器体系重构(common.rs 836行变更),各解析器同步升级
  - Download 服务重构(562行),反爬策略强化
  - LLM 客户端重构(266行),流式调用优化

  新子系统:
  - Hooks 生命周期系统(9种事件类型,PreToolUse/PostToolUse 支持输入输出拦截)
  - Skills 双层加载系统(system-reminder 轻量注入 + LoadSkillTool 按需加载,notify 文件监听热更新)
  - Memory 项目记忆管理(类型/提取/去重/衰减/保活/选择策略/护栏 7 模块)
  - SubAgent 上下文隔离子代理运行器(独立 ReAct 循环 + Hook 管道)
  - Team 多智能体团队协作(文件 inbox 通信、lead/teammate 协调)
  - TaskBoard DAG 任务依赖管理
  - Trajectory 会话轨迹、Terminal 终止信号、Autonomous 自主模式、Background 异步通知

  数据库:
  - agent_tasks 表(DAG 依赖模式,blocked_by JSON 数组)
  - agent_audit_log 表(工具调用审计:名称/状态/耗时/输出预览)
  - agent_identity 迁移(消息/审计/任务的 agent_name 归属,agent_team_members 团队注册表)

  API:
  - GET /chat/metrics 聚合指标端点
  - GET /chat/sessions/:id/audit 会话审计查询
  - GET /chat/questions + POST /chat/answer 人机交互问答

  工程:
  - 新增依赖:serde_yaml、notify、glob、walkdir、lru
  - Skills 目录含 methodology/plotting/presentation 三个初始 SKILL.md
  - CLAUDE.md 完整项目架构文档
2026-06-17 00:14:02 +08:00
b1fb884f21 feat: ReAct Agent 自主科研引擎、LLM 流式工具调用、论文搜索服务化
核心新增 —— ReAct 智能体引擎 (src/agent/):
 - ReAct 主循环:自主推理→工具调用→观察→迭代,支持流式 SSE 推送、
   上下文自动压缩、重复调用死循环检测、手动取消与超时控制
 - 7 个内置工具:ADS/arXiv 论文搜索、元数据查询、全文读取、PDF/HTML
   下载解析、RAG 向量语义检索、CDS Sesame 天体目标查询

 LLM 客户端增强 (src/clients/llm.rs):
 - 新增流式/非流式 Function Calling (tool calling) 支持
 - 原生 reasoning_content 推理链字段 (DeepSeek/QwQ)
 - 多模态图片+文本对话、TokenUsage 用量统计

 搜索服务重构 (src/services/search.rs):
 - 抽取 ADS/arXiv 搜索为统一 service,跨平台去重、本地状态合并
 - API handler 瘦身至薄封装层

 下载器增强 (src/services/download.rs):
 - Obscura 无头浏览器反爬下载通道 (进程内/CLI 双模式)
 - arXiv/Springer 专用策略、ADS Scan PDF 兜底、CAPTCHA 绕过

 解析器增强 (src/services/parser/mod.rs):
 - Markdown 输出自动附加 YAML 前端元数据头 (标题/作者/来源)

 新增 API (src/api/agent.rs):
 - POST /api/chat/agent — SSE 流式智能体对话
 - GET/DELETE /api/chat/sessions — 会话管理 CRUD
 - POST /api/chat/sessions/:id/stop — 紧急停止

 数据库: agent_sessions + agent_messages 表

 前端 (dashboard/):
 - 全新"智能科研"标签页 (ResearchAgentPanel) — 会话列表、ReAct
   步骤时间线可视化、SSE 实时流式渲染、Markdown+KaTeX 答案展示
 - Reader AI 助手集成 Agent 工作流,含工具调用步骤展示与引用溯源
 - 侧边栏新增"智能科研"导航入口
2026-06-15 17:30:45 +08:00
22e7e1dcee feat: RAG 文献问答、天体目标识别、解析器模块化与批量管线扩展
核心新增:
  - RAG 问答系统:Markdown 安全切片器 (LaTeX 保护) + 向量化 + sqlite-vec 检索 + LLM 生成
  - 天体目标识别:IAU 标准正则提取 15+ 星表标识符,CDS SIMBAD/Sesame 查询与本地缓存
  - 多模态 LLM:chat_completion_with_image 支持图表视觉分析
  - CLI Skills Agent (cli.rs):对外暴露 rag/target/ingest 等 5 个子命令
  - 解析器模块化重构:单体 778 行 → 按期刊拆分 (A&A/ar5iv/IOP/Generic/PDF) +
    common.rs 静态正则工具库

  管线与 Schema:
  - AssetSync→AssetBatch 重命名,批量管线新增 embed/target 两个处理阶段
  - 新增 paper_chunks_content (RAG 切片) 和 paper_targets (天体缓存) 两张表
  - StandardPaper 新增 has_vector 字段,所有查询同步更新

  前端:
  - 新增 AI 助手侧边栏 (RAG 问答 + 来源跳转高亮)
  - 最近浏览文献列表 (localStorage 持久化)、跨面板无缝导航
  - SyncPanel 批量阶段扩展为下拉选项,支持向量化/天体识别

  测试与清理:
  - 集成测试合并至 ads.rs 和 llm.rs,新增 chunker + target 单元测试 15 个
  - 删除旧单体 parser.rs、独立测试文件及过期 scratch 脚本
2026-06-15 13:25:18 +08:00
cd6af4f995 feat: 重构 PDF/文献检索同步机制、升级引力图交互与控制台 UI 样式
- [后端/PDF解析] 重构 MinerU PDF 解析流程:引入预签名两阶段直传机制,解决大文件 API 传输限制问题;支持轮询机制与本地 images 备用目录存储。
- [后端/同步与下载] 新增经典 ADS SCAN 扫描件 PDF 和 ADS_PDF 直接通道的下载逻辑;新增常用同步检索配置的持久化存储与去重管理 API。
- [后端/日志] 重构日志系统,支持控制台 pretty 输出与每日滚动文件日志(使用上海 +08:00 时区),引入 HTTP 路由请求链路追踪。
- [前端/引力图] 升级引用星系图 canvas 交互:支持平移拖拽与滚轮缩放,添加引力圈轨道装饰及未导入文献的半透明视觉区分。
- [前端/控制台] 统一重构为扁平高对比度浅色纯中文控制台样式;重新设计文献详情弹窗与状态进度条。
- [数据库] 新增 papers 表的 doctype 字段及 sync_queries 检索配置表。
2026-06-10 17:29:07 +08:00
307a1c0cee feat: 初始化 AstroResearch 核心系统代码及重构技术文档 2026-06-08 17:23:27 +08:00