Asfmq
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- AgentConfig/LlmClient 新增 enable_thinking 参数，前端 SSE 请求传递 thinking 开关，仅千问/DashScope 时启用 - 完善权限系统，支持细粒度的权限控制和用户权限申请 - delegate_research 工具重命名为 subagent，SubAgentTool/SubAgentRunner 重构 - 子代理消息（system/user/assistant/tool）持久化到 agent_messages 表，带 agent_name 标识 - 子代理活动日志（工具调用列表+思考摘要）注入返回结果，Hooks 获得正确 session_id 和 subagent_name - LLM 工具调用 ID 回退生成 UUID（llm.rs），ToolCall/ToolResult SSE 事件增加 id/tool_call_id 双字段 - ToolContext 扩展 session_id/sse_tx/enable_thinking 字段，executor 统一注入而非构造函数传参 - agent_messages 新增 metadata+raw_json 列，agent_sessions 暴露 summary 字段 - 删除文件级 transcript 快照（compact.rs），改为依赖 DB 持久化 - ResearchAgentPanel 重写：TimelineItem 类型替代 StreamStep，支持会话历史回放 - 新增 AgentMetricsPanel/AskUserQuestionCard/AuditLogViewer 三个前端组件，types.ts 完整类型定义 - docs/architecture/ 分层重组：概览/核心模块/核心工作流 + agent/ 子目录 11 篇专题文档 - docs/api.md 补充 RAG/Target/Agent 接口，docs/development.md 新建开发指南 - .env.example 完全重写，补充 FALLBACK_MODEL 等变量说明
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# AstroResearch Architecture / 架构设计
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AstroResearch 是一个集成了天文学文献检索、多通道下载（含防爬绕过与手动上传）、下载错误诊断、结构化解析、中英学术对比翻译、引文星系图谱以及馆藏健康度诊断的天文科研辅助系统。
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## 3. 核心模块说明
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### 3.1 API 层 (`src/api/`)
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| **[mod.rs](../src/api/mod.rs)** | 定义全局共享状态 `AppState`（含 `active_bibcode` 追踪）和统一文献格式 `StandardPaper`（含 `pdf_error` / `html_error` 诊断字段），通过 `pub mod handlers` 保持向后兼容命名空间。 |
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| **[helpers.rs](../src/api/helpers.rs)** | 共享工具函数：`convert_ads_doc_to_standard`、`convert_arxiv_to_standard`、`save_paper_to_db`、`get_paper_from_db`、`check_paper_paths_in_db`。负责数据库 CRUD 和 `error:` 前缀诊断信息的读取与解析。 |
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| **[papers.rs](../src/api/papers.rs)** | 文献相关核心处理器：统一检索 (`search_papers`)、下载 (`download_paper`)、**手动上传 (`upload_paper_file`)**、**无资源标记 (`mark_no_resource`)**、解析 (`parse_paper`)、翻译 (`translate_paper`)、引文拓扑 (`get_citation_network`)、文献详情 (`get_paper_detail`)、馆藏列表 (`get_library`)、BibTeX 导出 (`export_citations`)、**活跃文献追踪 (`get/set_active_bibcode`)**。 |
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| **[notes.rs](../src/api/notes.rs)** | 笔记 CRUD 处理器：创建 (`create_note`)、查询 (`get_notes`)、删除 (`delete_note`)。 |
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| **[sync.rs](../src/api/sync.rs)** | 批量同步控制处理器：元数据同步启动/状态/计数、资源同步启动/停止/状态、检索条件管理。 |
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### 3.2 服务层 (`src/services/`)
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| 模块文件 | 职责 |
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| **[batch/mod.rs](../src/services/batch/mod.rs)** | 批量同步引擎公共导出模块。 |
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| **[batch/meta.rs](../src/services/batch/meta.rs)** | 元数据大批量采集引擎 (`MetaSync`)：分页检索 ADS/arXiv 并增量入库。 |
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| **[batch/asset.rs](../src/services/batch/asset.rs)** | 物理资源批量处理引擎 (`AssetSync`)：后台异步执行下载/解析/翻译流水线，记录 `download_failed` / `parse_failed` 计数，保留最新 100 条日志。 |
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| **[download.rs](../src/services/download.rs)** | 多通道下载器：浏览器头伪装与请求延迟控制、ADS Link Gateway 重定向追踪与 `validate.perfdrive.com` 防护解码绕过、官方 `arxiv.org/html` 优先及 `ar5iv` 兜底、**下载失败时以 `error:` 前缀记录诊断信息至数据库**。 |
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| **[parser.rs](../src/services/parser.rs)** | HTML 语法树向 GFM Markdown 逆向转换，使用占位符保护 LaTeX 公式；统一图表链接；集成 MinerU PDF 解析。 |
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| **[translation.rs](../src/services/translation.rs)** | 基于本地天文双语词典的 Trie 树最长匹配分词，注入 Glossary 系统提示词让 LLM 实现学术级精细翻译。 |
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| **[query_parser.rs](../src/services/query_parser.rs)** | 高级检索语法解析器，将前端组合条件（AND/OR/NOT + 字段限定）转换为 ADS API 查询语法。 |
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| **[logging.rs](../src/services/logging.rs)** | 全局日志记录系统，基于 `tracing-subscriber` 实现控制台美化日志输出与基于时间的每日滚动日志文件写出，使用上海时区 (+08:00) 格式化时间。 |
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### 3.3 客户端层 (`src/clients/`)
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| **[ads.rs](../src/clients/ads.rs)** | NASA ADS API 客户端：文献检索、元数据获取、BibTeX 导出。 |
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| **[arxiv.rs](../src/clients/arxiv.rs)** | arXiv Atom XML API 客户端：解析 XML Feed 提取文献元数据。 |
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| **[qiniu.rs](../src/clients/qiniu.rs)** | 七牛云对象存储客户端：PDF 插图上传与 CDN 外链生成。 |
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### 3.4 独立工具 (`src/bin/`)
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| 文件 | 职责 |
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| **[health_check.rs](../src/bin/health_check.rs)** | 馆藏健康度诊断与修复工具：检测损坏文件、丢失文件、`error:` 报错记录和孤立 Markdown；`--fix` 模式自动清理并重置数据库状态。 |
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### 3.5 前端核心组件 (`dashboard/src/`)
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| 组件文件 | 职责 |
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| **[App.tsx](../dashboard/src/App.tsx)** | 全局状态管理：Tab 持久化、手动上传处理、无资源标记、活跃文献追踪、详情弹窗（含错误诊断和上传区）。 |
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| **[components/CustomSelect.tsx](../dashboard/src/components/CustomSelect.tsx)** | 可复用下拉选择组件：统一视觉风格、点击外部关闭、选中高亮。 |
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| **[components/CitationGalaxyCanvas.tsx](../dashboard/src/components/CitationGalaxyCanvas.tsx)** | 基于 HTML5 Canvas 的自研力导向引文星系图谱引擎：节点排斥力、中心引力、拖拽阻尼、双击多层级衍生。 |
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| **[features/library/LibraryPanel.tsx](../dashboard/src/features/library/LibraryPanel.tsx)** | 馆藏管理面板：同步反馈、下载失败/无资源状态筛选、文献类型筛选（13 种）、状态优先排序。 |
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| **[features/search/SearchPanel.tsx](../dashboard/src/features/search/SearchPanel.tsx)** | 跨源检索面板：高级组合条件、排序分页、下载失败状态提示、文献类型徽章（16 种）。 |
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| **[features/sync/SyncPanel.tsx](../dashboard/src/features/sync/SyncPanel.tsx)** | 批量同步控制台：乐观 UI 更新、容器内日志自动滚动。 |
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